На рассвете стрельцы вновь с барабанным боем вступили в Кремль. Продолжая разыскивать Ивана Нарышкина, двоих докторов-иностранцев – предполагаемых отравителей царя Федора – и других «изменников», они явились во дворец патриарха на Соборной площади. Облазив погреба и пошарив под кроватями, стрельцы пригрозили слугам и потребовали самого патриарха. Иоаким вышел в самом пышном церемониальном облачении и сказал, что в его доме изменники не прячутся и что если стрельцам нужно кого-нибудь убить, то пусть убьют его.
Итак, поиски продолжались, стрельцы все рыскали по дворцу, а их добыча, Нарышкины, все ускользала. Просидев два дня в темных чуланах при спальне маленькой сестры Петра, отец Натальи, Кирилл Нарышкин, его трое сыновей и юный сын Матвеева перебрались в комнаты молодой вдовы царя Федора, царицы Марфы Апраксиной. Там Иван Нарышкин остриг свои длинные волосы, а затем маленькая группа следом за старой сенной девушкой прошла в темный подвал. Старуха предлагала запереть дверь, но молодой Матвеев сказал: «Не нужно. Если ты запрешь нас, стрельцы что-нибудь заподозрят, выломают дверь, найдут нас и поубивают». Поэтому беглецы постарались, как могли, затемнить помещение и сидели, забившись в самый темный угол. «Едва мы успели туда забраться, – рассказывал впоследствии молодой Матвеев, – как мимо прошли несколько стрельцов. Они заглянули в открытую дверь, потыкали копьями в темноту, но быстро удалились со словами: „Наши, видать, уже здесь побывали“».
На третий день стрельцы опять вернулись в Кремль, с твердым намерением положить конец затянувшимся пряткам. Их предводители взошли по Красной лестнице и предъявили ультиматум: если немедленно им не выдадут Ивана Нарышкина, они перебьют всех бояр во дворце. При этом стрельцы дали понять, что и самой царской семье грозит опасность.
Тогда за дело взялась Софья. На глазах у перепуганных бояр она подступила к Наталье и громким голосом заявила: «Брату твоему не отбыть от стрельцов. Не погибать же нам всем из-за него».
Для Натальи настала тяжелая минута. Она видела, как уволокли и убили Матвеева, а теперь требовали, чтобы она и брата отдала на лютую смерть. Как ни ужасно было принимать такое решение, другого выхода у Натальи не было. Она велела слугам привести Ивана.