Архиепископ Арсений содействовал учреждению в России Патриаршества и 23 января 1589 г. в Успенском соборе московского кремля принял участие в избрании первого патриарха всея Руси. В мае того же года патриарх Константинопольский Иеремия, рукоположивший митрополита Московского Иону в патриархи, покинул Москву. Но архиепископ Арсений, участвовавший во всех этих церемониях, испросил у царя Федора Ивановича разрешение остаться в Москве [7]. Следовательно, все служебные перемещения Митрофана с участием архиепископа Арсения Элассонского произошли в короткий промежуток времени, между маем 1589 г. и апрелем 1594 г.
Поскольку грамота была подтверждена следующими тремя патриархами, Митрофан должен был служить на Вятке как минимум до 1619 г., года поставления в патриархи Филарета. Поэтому информация о Митрофане могла отложиться в вятских документах начала XVII в. Но в дозорной книге 1615 г. причт церкви Происхождения Креста Господня вообще не указан. Вероятно, это может объясняться тем, что относящаяся к этому же приходу холодная (студеная) Троицкая церковь в 1615 г. строилась заново: «заложена на прежнем на церковном месте» [5, С. 195]. В таком случае причт этого прихода мог быть временно распределен по другим приходам.
Во всей Вятской земле по дозору 1615 г. обнаруживается только один Митрофан Иванов – поп Хлыновской Никольской церкви [5, С. 195]. Есть все основания полагать, что это именно тот священнослужитель, которому была выдана рассматриваемая ставленая грамота. Уже в самом раннем вятском документе, где отмечается этот Митрофан, вятской оброчной книге 1593—1605 гг., записана его фамилия – «никольской поп Митрофан Лопатин». Тогда он выступил поручителем по крестьянине Волковского стана Афанасии Семеновиче Аникееве при отдаче последнему на оброк деревни [8, Ф. 1113. Оп. 1. Д. 4. Л. 42]. Указание на то, что Митрофан уже тогда являлся священником Хлыновской Никольской церкви, дает основание полагать, что причиной его перехода на службу в эту церковь послужило какое-то другое событие, не связанное со строительством новой Троицкой церкви.
Самым важным событием в жизни никольского попа Митрофана стало его участие в сопровождении в Москву и обратно чудотворного Великорецкого образа святителя Николая Мирликийского. 1 сентября 1614 г. «попы и диаконы, которые у того чюдотворного Николина образа служат», отправились в Москву. А вернулись назад в Хлынов 30 августа 1615 г. «А к Москве ездили с чюдотворным сим образом протопоп Стефан Соффониев сын Юферев да поп Митрофан Лопатин, диякон Гаврило Малцов, церковной староста Козма Трофимов, псаломшик Никита Балезин, пономарь Стефан Морозов» [9, С. 261—262, 270; 10, С. 91]. В Москве 17 марта 1615 г. причт Хлыновской Никольской церкви («пожаловали есмя Николы чудотворца Великорецкого вятского протопопа Стефана, да попа Митрофана, да дьякона Гаврила с братьею») получил обновленную, ранее выданную еще царем Иваном IV Васильевичем Грозным,