Хотя новая конфигурация ГШ носила более сбалансированный по сравнению с 1874–1885 гг. характер, японское командование продолжало совершенствовать его структуру с учетом новой военно-политической обстановки. После отторжения Россией, Германией и Францией Ляодунского полуострова в апреле 1895 г., начала строительства в августе 1897 г. Китайско-Восточной железной дороги (КВЖД) и подписания в марте 1898 г. соглашения с цинским Китаем о размещении русской военно-морской базы (ВМБ) в Порт-Артуре, по аналогии с прусским Генштабом японский 14 января 1899 г. был реорганизован на принципиально новой основе. Его ядром стали 1-е и 2-е управления, наделенные функциями оперативного планирования и сбора разведывательной информации на Европейском и Азиатском театрах военных действий. В структуре 1-го управления было образовано русское отделение, отвечавшее за сбор и обобщение данных о Российской империи с позиций Северной и Центральной Европы, Турции, Балканского полуострова, России, Кореи и Маньчжурии, а также за планирование боевых действий на случай войны между двумя государствами57.
Начало разведывательной деятельности японской армии против нашей страны датируется 70-ми годами XIX в., когда по инициативе военного министра Ямагата Аритомо за рубеж начали выезжать военные атташе (ВАТ) и военные стажеры. Первым зарубежным представителем армии стал направленный в Петербург в марте 1874 г. на должность «ученика секретаря дипломатической миссии 2-го разряда» майор Ямамото Киёката. Официальную аккредитацию военного атташе он получил только через пять лет и находился в российской столице до декабря 1881 г., что свидетельствовало о его высоком профессионализме58.
Необходимо отметить, что деятельность всех заграничных представителей армии регулировалась наставлением Ямагата военному атташе в Германии майору Кацура Таро от 28 апреля 1875 г., служившим основным руководящим документом для них вплоть до конца Русско-японской войны. В соответствии с наставлением, военные атташе подчинялись главам соответствующих дипмиссий и могли использовать их линии связи для передачи своих отчетов и специальных разведывательных сводок по вопросам организации, боевого расписания армии страны пребывания, военной топографии, обстановки в стране и в мире в целом. В рамках решаемых ими задач военные атташе наделялись правом ведения агентурной разведки на условиях соблюдения строжайших мер конспирации и обязательного согласования деталей