В апреле 1662 года на казацкой раде в Козельце его всё-таки избрали полноправным гетманом. Однако стараниями Мефодия, воевод и конкурентов Москва избрание не утвердила. Придрались к формальному поводу: на раде отсутствовал официальный представитель правительства.
Отказ в утверждении очень огорчил Сомко. И всё же он продолжал хранить верность присяге.
В связи с происходившим, можно только подивиться недальновидности московских бояр, курировавших малорусские дела. Их сомнения в наказном гетмане были бы объяснимы, если бы слово противостояло слову. Трудно верить одному наперекор многим. Словесные заверения Сомко в верности противоречили словесным же, то есть бездоказательным, но многочисленным обвинениям.
Дело, однако, в том, что доносы Яким Семёнович опровергал делом. Он продолжал громить врагов России, с которыми, по уверению недоброжелателей, будто бы сговаривался. Доносил, например, переяславский воевода князь Волконский, что, по его сведениям, Сомко готовится перейти к татарам. А спустя несколько дней лагерь наказного гетмана, расположенный в трёх верстах от Переяслава, окружила внезапно подошедшая орда. И с полудня до глубокой ночи Яким Семёнович со своими казаками яростно отбивался от нападавших, пока не подоспела подмога, высланная тем же воеводой, который теперь убедился в лживости полученной информации.
В другой раз доносчики сообщили, что Сомко собрался сдать Переяслав племяннику. Но когда польско-татарско-казацкое войско во главе с Юрасём снова осадило город, наказной гетман упорно оборонялся. В тех боях погибли два его сына. Доказательство верности – более, чем весомое. Но и оно не развеяло подозрений.
Наконец, Москва дала разрешение на избрание полноправного гетмана в июне 1663 года на «чёрной» раде (такой, участие в которой должны принять массы рядового казачества – чернь). Местом проведения выборов назначили Нежин.
Соперник Сомко, беспринципный авантюрист Иван Брюховецкий, заранее собрал у города толпы натуральной черни, обещая ей отдать на разграбление дома богатых казаков. Заручился он, умевший льстить и пресмыкаться (чего Яким Семёнович не умел и не делал) также поддержкой правительства.
Представителем царя на раде поручили быть князю Даниле Велико-Гагину. Историки подробно описывают как князь снаряжался в дорогу: взял двадцать стоп бумаги, два ведра чернил, множество свечей и т. п. Кажется, забыл он только ум и совесть.
Прибыв на место, Велико-Гагин не пожелал разбираться в малорусских делах, целиком доверившись доносам. И явно поддержал Брюховецкого, сторонники которого сразу же прибегли