Морское дело Пьер Д’Обюссон, как и любой рыцарь, изучал находясь в караване более двух лет после послушничества. Новички находились на борту галеры и участвовали во всех морских экспедициях. Флот Ордена, состоявший, в основном, из галер, был эффективнее турецких парусников. Иоанниты продолжали воевать как с турками, так и с мамелюками, вплоть до подписания в 1448 году мирного договора между мамелюками и Сувереном Родоса, совершали рейды на сирийское и ливанское побережье.
Галеры с возвышающейся над палубой кормой со стремительными, обтекаемыми формами, украшенные резной деревянной фигурой святого с заостренным носом, были очень красивы. Гребные галеры не зависели от ветра и были способны быстро менять направление и скорость хода. Гребцами на галерах были рабы, пленённые рыцарями в сражениях. Горька участь галерных рабов, прикованных к лавкам, на любом флоте. В галере: капитан – рыцарь, рядом с ним – офицер, отвечающий за галерных рабов, два надсмотрщика с кнутами. Один из них стоял в центре корабля, а второй – на носу. По команде капитана офицер свистел в серебряный свисток, сигнал этот повторялся надсмотрщиками, и сразу же все вёсла одновременно опускались в воду. Гребцы обнажены. Одна нога каждого из них находилась на подставке, другая упиралась в стоящую впереди скамью. Взявшись руками за тяжёлое весло, они одновременно отклонялись назад, увлекая за собой весло. Галерные рабы гребли от десяти до двадцати часов в сутки без малейшего отдыха. В таких случаях офицер обходил измученных, находящихся в предобморочном состоянии гребцов, вкладывая им в рот