После этого власть у Кучума отобрал Сеид-Ахмад из рода Тайбугинов. Но новые отряды русских из Москвы все-таки заняли Кашлык окончательно, хоть и через несколько лет. На месте разрушенного еще отрядом Ермака татарского городка Чимги-Тура была построена Тюмень. Интересна судьба родственников и потомков Кучума.
Казакам удалось пленить и отправить в Москву знатного вельможу, племяника Кучума Маметкула. Царь принял Маметкула на службу. Маметкул получил от царя вотчину в Ярославском уезде. Был жалован поместным окладом в 2000 четей и денежным – в 200 рублей. В 1586/87 г. к нему от Хана Кучума выехала его жена, а в 1595 – мать. В 1590 году племяник Кучума на новой службе ведет полки против шведов, а в 1598 году – против крымских татар. Кучума стали покидать ближайшие сподвижники, в том числе главный вельможа Карача (титул «карача» в татарских улусах давался важным сановникам). После смерти Ермака Кучум продолжал военные действия против Москвы, но несколько раз терпел поражения от царских воевод. Царь Федор Иоанович писал в своей грамоте Кучуму: «Я готов забыть все твои прежние грехи и простить тебя. Приезжай в Москву. Коли желаешь жить с детьми, будешь жить тут. А тут не захочешь, так уедешь к себе в Сибирь. Я дам тебе прежнее твое царство и сделаю тебя там падишахом. Только сперва покорись нам да в Москву приезжай». Кучум отказался от предложения царя Федора Иоановича стать московским вельможей. В августе 1598 г. по указу царя Бориса Годунова младший воевода Тары Андрей Матвеевич Воейков во главе войска из 700 стрельцов и казаков и 300 служилых татар, выступили из Тары в последний поход против Кучума. Переправившись через Иртыш, войско к 15 августа достигло Убинского озера. От местных жителей стало известно, что царь со двором и пятью сотнями войска недавно ушел к Оби, в свою главную ставку. Четыреста русских, скача днем и ночью, на пятый день вышли к Ирмени (недалеко от современного города Новосибирска). Окончательная битва, решившая судьбу Кучума, началась на заре, а к полудню все было кончено. Татары потерпели сокрушительное поражение. В бою пали брат и двое внуков Кучума, 21 князь и несколько сотен рядовых воинов. Семью Кучума взяли в плен и отправили в Москву (Кучум имел восемь жен: Салтаным, Сюйдеджан, Яндевлет, Актулум, Ак-Сюйрюн, Шевлель, Кубул и Чепшан). Бежать удалось только ему и его сыну Али. После этого Кучум заявил, что он стар, глух и слеп, и уходит из большой политики. Своему сыну Али он посоветовал уехать в Бухару, а сам принялся скитаться между бывшими своими подданными, ногайцами и калмыками, будучи изгоняем то оттуда, то отсюда. Закончил жизнь хан Кучум в скитаниях по степи, где погиб от руки ногайцев. Ногайцы убили его со словами – «если русские узнают, что ты с нами, они и тебе, и нам лихо сотворят».
Ногаи убивают Кучума. Миниатюра из летописи
Внук