Развернувшись на восток в середине XIX века, Россия значительно изменила организацию казаков на восточной границе империи. Согласно рекомендациям генерал-губернатора Восточной Сибири Муравьева, которые он сформулировал в попытке провести экспансию в Амурский бассейн, в марте 1851 года было учреждено Забайкальское казачье войско. Эта новообразованная армия насчитывала 48 169 человек и состояла из казаков, в основном местных русских крестьян, но также и представителей бурятских и тунгусских народов. Значительная доля новых казаков практически сразу была направлена к новым амурским и уссурийским границам для заселения новообретенных территорий лояльными подданными. Административный характер Забайкальской области также претерпел изменения. Территории к востоку от озера Байкал превратились в обычную российскую провинцию в Восточно-Сибирском генерал-губернаторстве, возглавляемом военным губернатором, который заведовал гражданскими и военными делами. Позднее, в 1884 году, Забайкальская область вошла в состав Приамурского генерал-губернаторства. Таким образом, область стала частью российского Дальнего Востока и до 1906 года оставалась административно обособленной от собственно Сибири. Читинская слобода еще в 1851 году получила статус областного города и стала административным центром округа[77].
Когда в Российской империи в 1874 году был введен всеобщий воинский призыв, казацкие войска сохранили самоуправление. Несмотря на то что многие характеристики службы напоминали регулярную военную службу, существовали некоторые особенности, в частности каждый казак обязательно владел лошадью, и служба в этих войсках была дольше. Казацкие станицы в 1871 году получили определенную долю автономности и собственную администрацию, станичного атамана, а также станичный суд. Реформы приравняли местную администрацию к российской низшей административной единице – волости[78].
Несмотря на эти реформы, традиционные способы управления фронтиром оставались по большому счету неизменными вплоть до конца XIX века. Еще в 1899 году русский военный топограф отметил, что «в былое время, назад тому лет 20, для обозначения границы собирали казаков со всех караулов и бороздили землю посредством угловатых камней: лошади гуськом в одиночку и попарно тащили по земле камни на ремнях, веревках, укрюках и получалась заметная пограничная межа. Еще и ныне