В апреле Ямамото рискнул приоткрыть карты Морскому генеральному штабу. Уже тогда было сказано, что первый успех должен обеспечить японцам инициативу на протяжении шести месяцев. Но дальнейшее развитие событий виделось в тумане. Ямамото надеялся на сокрушительный результат атаки, который подорвет волю американцев к сопротивлению. На генштаб это предложение не произвело впечатления, его сочли слишком рискованным. Но 10 апреля начальником Морского генерального штаба стал адмирал Осами Нагано, слабовольный и нерешительный человек. Он не мог сопротивляться напору Ямамото и, хуже того, не сумел контролировать даже своих подчиненных.
Ближе к концу апреля 1941 года адмирал Ониси завершил общую разработку плана. Он вызвал Фукудомэ в свой кабинет в Морском генеральном штабе и сообщил:
«При проведении операции придется решить две трудные проблемы. Одна из них техническая. Очень сложно провести атаку торпедоносцев в Пёрл-Харборе, так как там слишком малые глубины, и торпеды, сброшенные обычным методом, будут просто втыкаться в дно. Вторая проблема является тактической – сумеем ли мы добиться внезапности. Совершенно очевидно, что без элемента внезапности провести эту операцию будет нельзя».
Хотя Ониси отметил еще многие трудности, с которыми придется столкнуться, уже на первой стадии планирования операции он полагал, что атака имеет 60 процентов шансов на успех. Фукудомэ думал наоборот – не более 40 процентов, так как считал, что технические проблемы будут более сложными, чем думает Ониси. Сопротивление, которое позднее оказывал операции Морской генеральный штаб, опиралось в основном на его мнение. Если бы ему, а не адмиралу Ониси с самого начала поручили проработку вопроса, он наверняка рекомендовал бы адмиралу Ямамото отменить Гавайскую операцию.
В конце апреля к планированию привлекли штаб 1-го воздушного флота, но его командующий вице-адмирал Тюити Нагумо сразу указал на две главные проблемы: дозаправка соединения во время похода и гарантия скрытности подхода к Пёрл-Харбору. В результате получилась парадоксальная ситуация: операцию планировали адмиралы, которые сомневались в ее успехе. Главным мотором стал Гэнда.
7 августа Ямамото предпринял новую попытку убедить Моргенштаб. Он потребовал провести ежегодные штабные учения в сентябре, чтобы проверить подготовленные выкладки. Усиливающееся американское торговое эмбарго заставило штаб флота более благосклонно отнестись к идее Ямамото, хотя по-прежнему держался идеи оборонительного сражения в районе Маршалловых островов.
В начале сентября 1941 года Ониси снова вызвал Фукудомэ к себе в Морской генеральный штаб и заявил, что Гавайская операция кажется ему слишком рискованной и он хочет рекомендовать