25 дней спустя после прибытия в Констанцу Гуса по приказу Иоанна XXIII и кардиналов заточили в подземелье доминиканского монастыря, в позорное помещение – в келью рядом с отхожим местом. Арестовав Гуса, папа и кардиналы нарушили охранную грамоту, данную ему императором Сигизмундом.
Последний, тоже присутствовавший на соборе, с присущей коронованный особам в таких случаях щепетильностью заявил, что его охранная грамота имела, так сказать, «целевое назначение», а именно: должна была обеспечить Гусу «справедливое разбирательство» его дела на соборе и дать ему возможность выступить перед соборными отцами в свою защиту, а вовсе не спасти его от наказания за еретические воззрения.
«Если же, – заявил Сигизмунд, – кто-либо будет продолжать упорствовать в ереси, то я лично подожгу (костёр) и сожгу его».
Арестовав Яна Гуса, собор присвоил себе функции трибунала инквизиции. Он выделил следователей и фискалов, которые состряпали против чешского богослова обвинительный акт из 42 пунктов. Собор поручил специальным комиссариям произвести допрос арестованного. Допросы Гуса продолжались несколько месяцев. В это время Иоанн XXIII бежал с собора.
С уходом Иоанна XXIII со сцены можно было ожидать освобождения Гуса, однако его всего лишь перевели из одного места заключения в другое – из доминиканского монастыря в замок Тотлебен, да заменили комиссариев, назначенных бежавшим папой, новыми.
В Тотлебене Гуса держали днём в ножных оковах, а ночью приковывали и руки к цепи, вделанной в стену. Вскоре в тот же замок был посажен пойманный Иоанн XXIII, но его держали здесь со всеми удобствами. И это естественно, ведь Иоанн выступал в роли раскаявшегося грешника, он признал все выдвинутые против него собором обвинения; Гус же настаивал на своей невиновности, т. е. по мнению церковников, вёл себя как упорствующий еретик.
Гус обличал продажность, распущенность, стяжательство и жадность церковников, но в этом ничего еретического не было.
Ересь Гуса заключалась в том, что он требовал от духовенства строго придерживаться провозглашённых церковью христианских добродетелей. «Церковные иерархи выдают себя за наследников апостолов Христа? – вопрошал Гус и отвечал: – Если они ведут себя соответственно, то таковыми являются, если же наоборот, то они лжецы, и обманщики, и тогда власть вправе лишать их церковных титулов и бенефиций».
В начале июня 1415 года дело по обвинению Гуса