Военно-полевые суды вводились в местностях, объявленных на военном положении или положении чрезвычайной охраны. За 1906–1907 годы они были введены в 82 губерниях из 87, переведенных на военное положение или положение чрезвычайной охраны.
Военно-полевой суд состоял из председателя и четырёх членов суда, назначаемых из строевых офицеров начальником местного гарнизона (командиром порта) по приказу генерал-губернатора или главнокомандующего. Предварительное следствие не проводилось, вместо него использовались материалы Охранного отделения или жандармского управления. Обвинительный акт заменялся приказом о предании суду. Судебное заседание проводилось без участия в нём прокурора (функцию которого перенимали судьи), защитника (обвиняемый должен был защищать себя сам) и без свидетелей защиты при закрытых дверях, при этом допускались допросы свидетелей со стороны обвинения (чаще всего в их роли выступали чины полиции). Приговор должен был выноситься не позже, чем через 48 часов и в течение 24 часов приводиться в исполнение по распоряжению начальника гарнизона. Осуждённые имели право подавать прошение о помиловании, однако 7 декабря 1906 года военное министерство отдало распоряжение «оставлять эти просьбы без движения».
За восемь месяцев своего существования военно-полевые суды вынесли 1 102 смертных приговора. Кроме того, 2694 человека были повешены в 1906–1909 годах по приговорам военно-окружных судов[16].
Предшественник Столыпина на посту премьера – Сергей Витте – так оценивал его деятельность: «Никто столько не казнил и самым безобразным образом, как он, Столыпин, никто не произвольничал так, как он, никто не оплевал так закон, как он, никто не уничтожал так, хоть видимость правосудия, как он, Столыпин, и все, сопровождая либеральными речами и жестами… Столыпин казнит совершенно зря: за грабеж лавки, за кражу 6 рублей, просто по недоразумению…Можно быть сторонником смертной казни, но столыпинский режим уничтожил смертную казнь и обратил этот вид наказания в простое убийство, часто совершенно бессмысленное, убийство по недоразумению. Одним словом, явилась какая-то мешанина правительственных убийств, именуемая смертными казнями… Всякие убийства с точки зрения человеческой, нравственных принципов, не могут быть оправданы, тем не менее, убийства во всех видах постоянно производятся; многие из этих убийств производятся лицами, власть имущими. Так, между тысячами и тысячами людей, которые были казнены во время премьерства Столыпина, десятки, а может быть, сотни людей были казнены совершенно зря, иначе говоря, эти люди были убиты властью, которую Столыпин держал в своих руках».
Кроме военно-полевых судов, действовали военно-окружные суды, которые с 1907 года по 1909 год вынесли