Отметившийся перед ректоратом института и администрацией факультетов своими знаниями и организаторскими способностями, Банноб Отакулович был принят на работу в качестве учителя кафедры физики. Он учился в аспирантуре физического факультета Ташкентского государственного университета (ныне Национальный университет Узбекистана) и в 1965 году перед учёным советом физико-математического факультета Среднеазиатского государственного университета защитил свою диссертацию на тему «Проверка физических свойств диодов с удлинёнными базами из германия и кремния». А благодаря упорному труду уже в 1966 году был удостоен звания доцента.
В 1958—1961 годах был заведующим кафедры в факультете физики, с 1962 по 1965 года являлся деканом физического факультета, а уже с 1965 по 1968 года выполнял обязанности проректора по учебной части института. Так с 1971 по 1984 года он работал на должности ректора института. В качестве руководителя он большое внимание уделил процессу подготовки кадров. Молодых учителей он отправлял для повышения их квалификации в аспирантуры, расположенные в центральных городах страны, рекомендовал учеников-исследователей для стажировки к ведущим учёным своего времени, для создания необходимых условий важные для развития работ научно-исследовательского института открыл подходящий по направлениям лаборатории и продемонстрировал свою инициативу для занятия научной работой молодёжи и создания для них необходимых условий.
Если же в 1971 году научно-исследовательской деятельностью занимались из 342 учителей 212 человек, уже в 1975 году этот показатель достиг 286 человек. Для сравнения в том же 1971 году из всего учено-профессорского состава ФерГПИ 34,2%, а в 1975 году – 37,2%, в 1980 году 38% имели учёные степени и звания. С 1972 по 1980 года учёные института опубликовали 70 монографий, учебников, учебных пособий, разработок, 10 сборников научных работ, 1 500 научный и научно-популярных статей, а также получили 20 авторских свидетельств. В 1972—1978 годах в институте подготавливались к защите 6 докторов, 57 кандидатов наук. В 1981—1985 годах количество научных направленностей стало ещё больше. В это время учёные института опубликовали 14 монографий, 5 учебников и учебно-методических пособий, 10 сборников научных публикаций, 1100 научных статей, а также получили 7 авторских сертификатов.
В 1981-1985-е года на острове 5 миллионов 723 тысяч сельскохозяйственных договоров были выполнены исследовательские работы.
В качестве ректора Банноб Отакулович оказывал большое внимание для развития спорта и физической культуры среди студентов. Подготавливал несколько чемпионов и призёров Азии и мирового масштаба. В 1981 году была открыта военная кафедра. Под его непосредственным руководством в институте по различным научным направлениям организовывались несколько международных и республиканских научно-теоретических