Одновременно с этой тенденцией создания региональных оргкомитетов, тесно связанных с местной властью и фактически ей подконтрольных, уже в первый период подготовки Конгресса (форума) в ряде регионов стали создаваться и собственно инициативные оргкомитеты, а там, где уже существовали «официальные» – альтернативные оргкомитеты. Одним из основных, если не единственным, инициатором создания таких «самодеятельных» оргкомитетов стала лидер фонда «Интерлигал» и коалиции «Мы – граждане» Нина Беляева, участница встречи 12 июня с Президентом РФ. При встрече с автором этих строк летом 2001 г. она горячо убеждала участвовать в подготовке форума и, невзирая ни на какое начальство, создавать свои собственные оргкомитеты. В этот период она была, вероятно, одним из немногих активистов третьего сектора, веривших в возможность проведения форума как реальной площадки для переговоров, а не как большого шоу, имеющего единственную главную цель – «продемонстрировать единодушную поддержку российской общественности Президента России В. В. Путина».
В Санкт-Петербурге шаги по созданию такого «инициативного оргкомитета» предприняла лидер «Лиги избирательниц» Татьяна Дорутина. Появление этой инициативы вызвало замешательство в «официальном» оргкомитете, и, чтобы не вызывать ненужной конкуренции, его представители запросили центральный (московский) оргкомитет о своих полномочиях, о том, кто же именно наделен правом формировать региональные делегации на форум.
Второй этап подготовки: сентябрь-ноябрь 2001 г. В начале сентября ситуация начала меняться на федеральном уровне. По мнению Л. М. Алексеевой, существенную роль в изменении формата предполагаемого форума и состава его участников сыграло зарубежное общественное мнение: «Тогда какие-то уважаемые Путиным германские политики объяснили ему, что это туфта. Что если этих двух организаций [МХГ и "Мемориала”] не будет, то никто в это не поверит. И тогда, по-видимому, возникла идея, что на этом конгрессе эти организации должны быть обязательно. Так как мы уперлись, а было такое задание, чтобы мы были, то В. Сурков нам сказал: "Ну хорошо, на каких условиях вы согласны?" Мы сказали: "Мы согласны, чтобы не было голосования". – "Ну тогда это будет не конгресс, а форум”. – "Переживем!” – "Ну хорошо: если