Ситуация изменилась в первом десятилетии нового века. Уже в 2002 году появились две достаточно серьезных публикации на эту тему – сборник статей, подготовленных СПб гуманитарно-политологическим центром СТРАТЕГИЯ[48], и тематический выпуск журнала Со-Общение (№ 9 за 2002 год), издаваемый в рамках методологического сообщества (гл. редактор до 2002 г. – М. М. Щедровицкая)[49]. Отметим, что и СПб центр СТРАТЕГИЯ и различные направления сообщества методологов, ведущие начало от методологического кружка Г. П. Щедровицкого, сами идентифицируют себя как варианты или разновидности «think tanks», то есть эти издания в какой то мере – варианты саморефлексии. К этой же категории можно же можно добавить и появившуюся в следующем номере журнала Со-общение статью ректора Высшей школы экономики Я. И. Кузьминова, который рассматривает некоторые стороны активности ВШЭ как пример деятельности фабрики мысли[50]. В этом же году в ведущем российском политологическом журнале «Политические исследования» появилась и первая статья о развитии фабрик мысли и центров публичной политики[51].
Год спустя в Санкт-Петербурге СПб центром СТРАТЕГИЯ совместно с организацией «Фридом Хаус» была проведена международная конференция «Фабрики мысли» Балтийского региона: стратегии сотрудничества общественностью по проблемам безопасности», материалы который были вскоре изданы в следующем сборнике статей центра на эту тему[52]. В 2004 году этим же центром был начат выпуск ежегодного альманаха «Публичная политика», в каждом из выпусков которого существенное место отводилось и отводится фабрикам мысли различного вида[53].
В сентябре 2005 года в пригороде Санкт-Петербурге, г. Пушкине СПб центром СТРАТЕГИЯ при поддержке института «Открытое общество», Будапешт, состоялась международная конференция «Центры публичной политики и фабрики мысли в странах бывшего СССР и Восточной Европы», в которой участвовали более шестидесяти человек из России, Украины, Белоруссии, Латвии, Болгарии, Дании, Австрии, Израиля и Чехии. Ряд материалов и участников этой конференции был опубликован во втором и третьем выпусках альманаха «Публичная политика»[54]. В 2006 году этим же центром была опубликована