27 июня 1797 г. Транспаданская и Циспаданская республика были объединены в Цизальпийскую республику, столицей которой стал Милан. Милиция Милана стала основой для создания национальной гвардии республик. А поскольку цветами форменной одежды милиции города были зеленый и красный цвета, то и мундиры национальной гвардии получили такую же расцветку. Неофициальным государственным флагом республики стал флаг из трех равных горизонтальных полос: белой, красной и зеленой.
11 мая 1798 г. вопрос о флаге был вынесен на обсуждение Большого совета (нижняя палата парламента) Цизальпийской республики. В результате было принято решение, что флаг должен состоять из трех вертикальных полос: зеленой, белой и красной. Этот трехцветный флаг символизировал патриотов Италии, программу создания будущей Италии, и христианские добродетели: веру, надежду и милосердие (патриоты олицетворяли каждый цвет с конкретной добродетелью).
Новый флаг был официально утвержден Наполеоном – президентом Цизальпийской республики.
Когда в 1799 г. Наполеон отправился на завоевание Египта, Цизальпийская республика была ликвидирована, но 4 июня 1800 г., после возвращения Наполеона, была восстановлена и восстановлен прежний зелено-бело-красный флаг. Но к этому времени этот флаг стал символом антиреформистских сил, поэтому патриоты 20 августа 1802 г. приняли флаг с другим рисунком: красное квадратное полотнище с вписанным белым ромбом, в который вписан зеленый квадрат.
В 1805 г. республика была преобразована в королевство и в этом же году Наполеон утвердил его флаг: прямоугольное красное полотнище с вписанным белым ромбом, в который вписан зеленый прямоугольник с изображением герба королевства.
Существовавшие в этот период на территории Италии другие полунезависимые от Франции государства, имели собственные флаги.
После падение Наполеона, Венский конгресс в 1815 г. подтвердил прежнюю раздробленность Италии, которая вновь попала под австрийское влияние, а трехцветный флаг на три десятилетия оказался под запретом – для итальянских государств были утверждены новые флаги, многие из которых были созданы на основе флага Австрии.
Но зелено-бело-красный флаг использовался итальянскими патриотами как символ свободы и в 1831 г., во время Мадзинианского восстания, и во время восстаний в папских владениях. В любом уголке Италии белый, красный и зеленый цвета олицетворяли общую надежду, которая зажигала энтузиастов и вдохновляла поэтов. «Соберемся под единым знаменем надежды» писал в своем гимне Гоффредо Мамели в 1847 г.
В марте 1848 г. в Вене вспыхнула революция, что сразу привело к восстанию всего севера Италии. Австрийские войска капитулировали 22 марта 1848 г. (позднее этот день король Сардинии Kaрл Альберт провозгласил днем независимости