Деникин вернулся в свою бригаду. Прошло года два, страсти улеглись, и он вдруг решил написать личное письмо Куропаткину с объяснением всей этой истории, и написал не по уставу, а как частному лицу, обращаясь к нему по имени-отчеству: «Алексей Николаевич». Страсти к тому времени поостыли, Куропаткин прочел письмо, направил запрос в Академию (генерал Сухотин уже не был ее начальником), верно ли то, о чем написал Деникин; там подтвердили, что Деникин написал правду. И Куропаткин на первой же аудиенции у государя, «выразив сожаление, что поступил несправедливо», испросил повеление причислить Деникина к Генеральному штабу. У военного министра тоже был характер.
Вскоре капитана Деникина перевели в штаб 2‐й пехотной дивизии как причисленного к Генеральному штабу.
Политические воззрения Деникина, которые он сохранил по крайней мере до революции 1917 года, сложились в годы учебы в Академии Генерального штаба. Как признавался позднее будущий вождь Белого движения, он «приял российский либерализм в его идеологической сущности, без какого-либо партийного догматизма». «В широком обобщении» это приятие привело Деникина «к трем положениям: 1) Конституционная монархия, 2) Радикальные реформы и 3) Мирные пути обновления страны».
Как мы знаем, хуже всего обстояло дело с мирным обновлением.
Деникин прошел все ступени военной лестницы: командовал ротой, батальоном, полком, служил на штабных должностях. Служил в Варшаве, откуда «отпросился» на Русско-японскую войну, где себя блестяще проявил. Участвовал в Мукденском сражении. Особенно отличился в должности начальника штаба Урало-Забайкальской дивизии генерала П. И. Мищенко, которая специализировалась на конных рейдах в тыл противника. Деникин закончил войну в чине полковника, был награжден орденами Святого Станислава 3‐й степени с мечами и бантами и Святой Анны 2‐й степени с мечами.
В 1907–1910 годах служил в Казанском военном округе в должности начальника штаба 57‐й пехотной резервной бригады в Саратове. В 1910–1914 годах командовал Архангелогородским пехотным полком, базировавшимся в Житомире. Деникин был идеальным служакой. Но не только. Склонность к литературе никуда не делась. В 1898 году в военном и литературном журнале «Разведчик» был напечатан его первый рассказ. Впоследствии Деникин под псевдонимами И. Ночин и Иван Ночин опубликовал десятки статей и очерков в «Варшавском дневнике», «Офицерской жизни», «Военном сборнике», «Русском инвалиде». Но чаще всего он печатался в «Разведчике», в разделе «Армейские заметки».
Деникин выступал за улучшение системы