Антиеврейский террор продолжался пять месяцев. Железная гвардия настояла на принятии правительством Румынии решения о закрытии 600 синагог и передаче их зданий румынской православной церкви. Впрочем, это решение было отменено через три дня, после того как В. Филдерман на встрече с Й. Антонеску рассказал ему об ущербе, нанесённом экономике страны, незаконных арестах и других проявлениях произвола Железной гвардии.
Диктатор использовал эти сведения в борьбе с Железной гвардией, которая арестовала ряд еврейских лидеров, а 21 января 1941 года предприняла попытку государственного переворота, вступив в бой с румынской армией за контроль над Бухарестом, одновременно организовав погром в городе. Погром не распространился на румынские провинции благодаря армии. Главным для Антонеску было – поставить радикалов под контроль. Если для этого нужно было повременить с расправой над евреями – почему бы нет?
При этом 29 июня 1941 года румынские и немецкие солдаты устроили погром в Яссах, убив около 12 тысяч евреев. В Молдавии немецкие и румынские войска планомерно уничтожали еврейское население. В августе 1941 года румынские власти начали депортацию евреев из находившихся под их контролем Буковины и Бессарабии через Днестр, в немецкую зону оккупации. Немцы отказались принять депортированных. Многих расстреляли, других отправили назад в румынскую зону, где часть их была убита румынскими жандармами. Многие утонули в Днестре или погибли от болезней и голода по пути в концлагеря Буковины и Бессарабии.
В течение пяти недель после начала войны была уничтожена половина еврейского населения (около 160 тысяч человек) Бессарабии, Буковины и района города Дорохой, входившего в состав старой, довоенной Румынии. В сентябре 1941 года на территории, оккупированной румынской армией, евреев стали заключать в гетто и концлагеря.
По приказу Й. Антонеску, выполнявшего требование германского посольства, в июле 1941 года началась отправка в концлагеря евреев, проживавших в провинции старой Румынии, однако Совет евреев Румынии (!) добился отмены приказа. Из приграничных с СССР районов еврейское население депортировали на запад Румынии, мужчин моложе 60 лет заключили в концлагерь Тыргу-Жиу. Из других районов в трудовые лагеря посылали еврейских мужчин. Отправку туда женщин предотвратил всё тот же Совет евреев Румынии.
Когда 3 сентября 1941 года был отдан приказ о ношении евреями отличительного знака, главный раввин страны А. Шафран обратился к главе румынской православной церкви патриарху Никодиму, вмешательство которого заставило Й. Антонеску 8 сентября отменить этот приказ. В румынской зоне оккупации СССР для евреев ношение знака осталось обязательным.
16 сентября 1941 года началась депортация в Транснистрию евреев из лагерей Бессарабии. После вмешательства Совета евреев Румынии, послов США, Бразилии, Португалии и Швейцарии 14 октября вышел приказ о прекращении депортации, но на практике она продолжалась до 15 ноября. Евреи Бессарабии и Буковины (за