Характеризуя внешность царя, В.О. Ключевский (1990) писал: «Впечатление портилось следами сильного нервного расстройства, причиной которого был либо детский испуг во время кровавых Кремлевских сцен, либо слишком часто повторявшиеся кутежи, надломившие здоровье еще не окрепшего организма… уже на двадцатом году у него стала трястись голова и на красивом круглом лице в минуты… волнения появлялись безобразившие его судороги». А.К. Нартов (1891) вспоминал, что «государь поистине имел иногда в ночное время такие конвульсии в теле, что клал с собою денщика Мурзина, за плечи которого держась засыпал». А.К. Нартов, прекрасно знавший Петра, отрицая версию о таких конвульсиях, как следствие попытки отравления в молодости, указывал, что, по словам самого царя, они появились после тяжелой психотравмы во время стрелецкого бунта 15 мая 1682 года, когда десятилетний мальчик стал свидетелем кровавой расправы с близкими ему людьми. Тогда стрельцами были убиты брат вдовствующей царицы И.К. Нарышкин, ее двоюродный дядя И.Ф. Нарышкин, боярин А.С. Матвеев, князья Ю.А. Долгорукий, М.Ю. Долгорукий, Г.Г. Ромодановский, спальник Ф.М. Салтыков и др. При этом А.С. Матвеев был заколот копьями на глазах маленького Петра. Летописи говорят, что десятилетний Петр сохранял изумительное спокойствие, твердость во время Стрелецкого бунта и расправы над своими близкими. С медицинской точки зрения, Петр лучше бы плакал, кричал, но не замыкался в себе. Страшная психологическая травма наложила сильнейший отпечаток на его психику.
В конце дикой расправы, спровоцированной царевной Софьей, Наталья Кирилловна укрыла своего сына и его сводного брата Иоанна в одной из кремлевских церквей. В числе погибших оказались придворные врачи Даниил фон Гаден и Иван (Ян) Гутменш, по версии стрельцов, отравившие царя Федора по наущению Нарышкиных. Стрелецкие руководители подвергли врачей пыткам, но медики и на дыбе отказались признать себя виновными в убийстве Федора Алексеевича. А. Сумароков описал эти трагические события так: «В тот же день поймали они, стрельцы, в одежде немецкой крещеного жидовской породы медика Данилу фон Гадена в немецкой слободе и взяли другого немца Яна Гутменша медика в доме его на Поганом пруде, названном после Чистом пруде, и сына его Гутменшева. И сих невинных медиков за то, будто они царя Федора Алексеевича отравили, и сына Гутменшева за то, что он сын ими ненавидимого медика, привели на Красную площадь, подняли на копья, потом изрубили на мелкие куски» (Нахапетов Б.А., 2005).
Д.А. Гранин (2000), документально исследовав этот эпизод жизни Петра, приводит яркое художественное описание концовки страшной трагедии: «После казни дяди (Ивана Нарышкина – Ю.М.) мальчик свалился в горячке. На всю жизнь у Петра остались