Есть сведения, что еще до ареста в ходе допросов к Алексею применялись пытки. Так, к каторжным работам был приговорен крепостной Андрей Рубцов, рассказавший товарищам, что он слышал из сарая мызы под Петергофом, куда, на его глазах, увели царевича, страшные стоны и крики (Костомаров Н.И., 1881). Спустя три дня Рубцов при встрече с Алексеем увидел, что рука у того «перевязана платком» и болит. Ссылаясь на этого человека, ряд свидетелей показал, что «государь в мызе сына своего царевича пытал» лично (Есипов Г.В., 1880).
В Петергофе у самого берега Финского залива стоит невысокий «голландский домик» государя – дворец Монплезир. Многое видели его стены… Белая ночь 13 мая тихо текла над Петергофом, в его обширных садах было пустынно. Лишь в одном из окон дворца мерцал слабый свет – в кабинете Петра одиноко горела свеча. Друг против друга застыли отец и сын. На столе, разделявшем собеседников, лежало роковое признание Ефросиньи, решившее судьбу царевича. Она дала показания о том, что Алексей жаловался австрийскому императору на отца, желал смерти своему новорожденному брату Петру, переписывался с архиереями, обсуждая вопросы престолонаследия, рисовал планы управления страной после смерти царя. История не сохранила письменных подробностей свидания. Интереснейшая медицинская деталь: на следующий день государь недомогал, у него утром возник приступ судорог, лейб-медик Блументрост опасался «паралича». Видимо, слишком велик оказался груз эмоционального напряжения ночного допроса сына. Эта знаменитая сцена изображена Н.Н. Ге на картине, написанной к 200-летию со дня рождения Петра I.
Нередким средством получения сведений от подозреваемых были физические истязания. Согласно петровским законам, человек, выдержавший три пытки и не изменивший своих первоначальных показаний, «очищался» от подозрения в преступлении и на дыбу отправлялся доносчик, которому предстояло, «сменявшись кожей на кожу», доказать – «довести» свое обвинение (Анисимов Е.В., 1992). Не каждый заведомо невиновный человек мог выдержать пытки. В повседневной практике Тайной канцелярии физические истязания были обыденным делом. Смерть от пыток не являлась чрезвычайным происшествием, но ее старались избегать, так как она прерывала процесс получения улик. Для оказания врачебной помощи, приведения в чувство, в штате канцелярии имелись врачи. В душных подвалах Тайной канцелярии смешивались запахи крови, пота, человеческой плоти, прижигаемой орудиями пыток, дыма жаровен, где они раскалялись. В комнатах громоздились орудия пыток – щипцы, иглы, тиски, крючья, буравы, стояли колбы с кислотами, лежали факелы из просмоленной пакли.
С 19 по 26 июня Алексей пять раз был подвергнут пытке. Смертельно напуганный, больной царевич, не вынося физических страданий, видимо, стал признавать все, что предъявлялось ему следователями, даже такие абсурдные факты, как организацию захвата трона с помощью войск шурина, австрийского императора. Истязания, примененные к узнику, лаконично