Отход царя от непосредственного управления взволновал столицу. На посаде, особенно в стрелецких полках, ширился ропот против «начальнических и неправедных обид», против «временщиков», с которыми столкнулось мелкое начальство. Федору так и не удалось наладить государственную машину, способную четко действовать со справедливостью и правосудием без бдительного ока самодержца. Даже больной, царь продолжал принимать важные решения. Так, получив известия об опасности, угрожавшей русским поселениям в Приамурье со стороны Цинской империи, он потребовал от Патриарха назначить епископов в Даурские, Нерчинские и Албазинские остроги «для исправления и спасения людей, пребывающих в тех градех». Однако царь не знал, что совсем рядом, в кольце слобод вокруг Москвы, закипает гнев на «бояр и думных людей», приказавших высечь челобитчика, обратившегося в Стрелецкий приказ с жалобой на особенно свирепого полковника. В этой «неправде» многие обвиняли И.М. Языкова – слабого политика, с 1680 года возглавившего Оружейную, Золотую и Серебряную палаты, значение которого увеличилось при болезни государя. Говорили также, что Языков, Лихачевы и Апраксины объединились со сторонниками царевича Петра и именно они уговорили Федора облегчить ссылку Матвеева и Нарышкиных. Предвидя кончину государя, многие видные роды готовили переворот с целью отстранения от наследства шестнадцатилетнего царевича Ивана в пользу десятилетнего Петра.
23 апреля знать пировала в палатах Патриарха. А на окраинах Москвы полки русской армии, собравшись «в круги» по казачьему обычаю, приняли решение о совместном выступлении против офицеров. В тот же день два десятка стрелецких полков направили во дворец представителей с жалобой на одного полковника – Семена Грибоедова. Ни Языков, никто другой не посмели отказать в передаче этой челобитной царю, который сразу понял значение объединения всей армии против одного начальника. 24 апреля 1682 года Федор Алексеевич указал: «Семена послать в Тотьму, и вотчины отнять, и ис полковников отставить». Это был самый последний указ государя, лишившегося сил и неотвратимо близившегося к могиле (Погодин М.П., 1875). Вечером 27 апреля он исповедался, приобщился Святых Тайн. Врачи информировали царя, что надежд на выздоровление нет и необходимо распорядиться судьбой престола. Ложе Федора окружили близкие. Патриарх начал чтение отходной молитвы. Государь до последних минут жизни находился в сознании. Родные, державшие его руки в своих ладонях, почувствовав, что кисти начали холодеть, поняли, что близится конец…
Известие о смерти Федора, «ихе име леты довольны, и разум совершен, и бе милосерд», и воцарении Петра, «иже млад сый и Российскаго царствия на управление не доволен», означало для подданных,