Рассказывая об Алексее Михайловиче, невозможно не упомянуть о Патриархе Никоне и том трагическом явлении в жизни Русской Православной Церкви, государства, всего народа, которое получило наименование «Раскол». Реформа началась рассылкой Патриархом перед Великим Постом в 1653 году по московским церквам «памяти», в которой указывалось уменьшить число земных поклонов на службе Святого Ефрема Сирина и креститься тремя перстами. Некоторые изменения в Символе Веры – перечне догматов Православия, были внесены реформаторами после сличения с греческим оригиналом, однако, раскольники относились к сакральному тексту как к неизменяемой основе и не вняли аргументам никониан. Объявляя старые обряды «неправильными», реформаторы вольно или невольно должны были усомниться как в истинности Православия древних русских святых, отправлявших службы по старым книгам, так и в решениях Стоглавого собора 1551 года, канонизировавшего «старины».
Некоторые ученые считают, что с точки зрения исторических фактов были правы протоиерей Аввакум и его союзники: не русские, а греки отступили от традиции. Русь приняла христианство по Студийскому уставу (который в Греции был позднее вытеснен Иерусалимским), сохранив старые обряды до середины XVII века. Древней формой было двоение слова «Аллилуйя» (евр. – «хвалите Господа») – церковного славословия. Троеперстному крестному знамению на православным Востоке предшествовало двоеперстие. «Старое» двоеперстие в Византии сохранялось еще в XII веке. Раскол был, однако, вызван не только церковной реформой. Конфессиональные расхождения наложились на социальные. Старообрядцы не принимали «самодержавства» царя в церковных вопросах, падения роли епископов. В «порче» нравов духовенства, в социальном неблагополучии, в росте западного влияния они обнаруживали «знамения прихода Антихриста». Ожидание эсхатологических событий поддерживало раскольников в тюрьмах и на кострах. Однако ни сопротивление духовенства, ни ропот народа не заставили правительство отступить от реформы. В 1652 году, став Патриархом, властолюбивый Никон, «Собинный друг» царя, принял титул «великого государя». Царским именем Патриарха начали называть в год вступления на престол; в 1653 году он уже рассылал от своего «государева» имени грамоты воеводам. Глава Церкви входил в деятельность Приказов, отдавал предписания воеводам, был инициатором военных кампаний. Среди бояр стало расти недовольство «худородным» Никоном, уменьшившим их влияние и узурпировавшим царскую власть. Вмешательство в дела епископий и митрополий восстановило против Патриарха церковных иерархов. Столкновение было неизбежным. В июле 1658 года Никон оставил Москву