В 80-е годы XV века объединенная Грузия распалась на три царства – Картли, Кахети и Имерети. В состоянии раздробленности под постоянными ударами Персии, Османской Империи и набегами дагестанских племен Церковь продолжала нести свое служение, хотя делать это становилось все сложнее.
Завоеванная в XVI веке Османской империей юго-западная часть Грузии насильно исламизировалась, исповедание христианства жестоко преследовалось, все епархии упразднялись, а храмы перестраивались в мечети.
Опустошительным для Грузии стало и XVII столетие, «век царских мучеников и множества убиенных». Карательные походы персидского шаха Аббаса I были направлены на полное уничтожение Картли и Кахети. В это время было убито две трети грузинского населения.
Количество епархий сократилось еще сильнее. Но Грузия продолжала находить в себе силы для сопротивления, а Церковь в лице Католикоса и лучших епископов призывала царей и народ к единству. В 1625 году полководец Георгий Саакадзе разбил тридцатитысячную армию персов. Именно в этот период понятие «грузин» становится равным понятию «православный», а перешедших в ислам грузинами больше не называли, их звали «татари».
В эти сложные годы как государственные деятели, так и иерархи Церкви искали поддержки у достигшей могущества православной Российской Империи. Активные переговоры в Петербурге вел Католикос-Патриарх Антоний I (Багратиони).
В 1783 году на Северном Кавказе был подписан Георгиевский трактат, по которому Грузия в обмен на поддержку России частично отказывалась от внутренней независимости и полностью от самостоятельной внешней политики.
Бесконечные удары Персии и Турции хоть и не подавили, но во многом парализовали интеллектуальную и социальную жизнь Церкви – не было больше возможности поддерживать принадлежащие Грузии духовные центры как в самой Грузии, так и на Афоне и Святой Земле. Не функционировали учебные заведения, большое число духовенства было физически уничтожено. Но в то же время духовная жизнь не оскудевала – в монастырях Грузии подвизалось множество преподобных отцов – исихастов.
В 1811 году, в рамках активной политики по введению Грузии в состав Российской Империи, где Церковь уже сто лет находилась в подвластном государству положении, а патриаршество было упразднено, потеряла свою свободу и автокефалию и Грузинская Церковь. На ее территории