Для обеспечения практического взаимодействия пограничных ведомств Беларуси и России Соглашением от 15.03.1994 был создан совместный Координационный Совет. Также, в целях проведения согласованной пограничной политики, в 1997 г. был создан Пограничный комитет Союза Беларуси и России, переименованный в 2000 г. в Пограничный комитет Союзного государства.
В целях реализации согласованных решений, обеспечения практического взаимодействия пограничных войск Беларуси и России в охране Государственной границы Беларуси, при Главном управлении Пограничных войск Республики Беларусь была создана Оперативная группа Пограничных войск Российской Федерации, а при Федеральной пограничной службе Российской Федерации – Группа представителей Главного управления Пограничных войск Республики Беларусь. Численность, структура и порядок комплектования Оперативной группы определяются совместно главами пограничных ведомств Беларуси и России.
Кроме того, Соглашением от 15.03.1994 устанавливалось, что Беларусь и Россия «на основе равного долевого участия будут осуществлять финансирование обустройства и оборудования Государственной границы Республики Беларусь с Латвийской Республикой и Литовской Республикой», и что Россия будет оказывать Беларуси необходимую помощь «в материально-техническом обеспечении ее пограничных войск, а также в разработке, размещении заказов, изготовлении, внедрении и ремонте вооружения, техники и оборудования, применяемых в охране Государственной границы Республики Беларусь» и «в подготовке кадров, в том числе младших специалистов».
Для реализации положений Договора командующим Пограничными войсками Беларуси и главнокомандующим Пограничными войсками России были подписаны соответствующие протоколы.
Вскоре после заключения Договора о совместных усилиях по охране Государственной границы Беларуси, была утверждена союзная программа по обустройству границ на 1996—2001 гг., для реализации