Владычество Вавилона было сравнительно недолгим. В 539 г. столица царства была захвачена первым царем Персии, Киром. Персидская империя царей Ахеменидов была гораздо крупнее и сильнее Ассирийского или Нововавилонского царств, ее считают первой мировой державой древности. Политика Ахеменидов в отношении подчиненных территорий (то есть фактически всего Ближнего Востока, Передней Азии и значительной части Центральной Азии) была также принципиально иной, чем у ассирийцев или вавилонян. Вступив на престол, Кир разрешил переведенным в Междуречье народам вернуться на родину – во всяком случае, это было сделано в отношении иудеев. До нас дошли тексты обеих версий царского декрета об этом, арамейской и еврейской (специально предназначенной для иудейской общины), разрешавшие не только возвращение в Иерусалим, но и восстановление в нем Храма (для этого были возвращены даже священные сосуды, захваченные вавилонянами в 586 г.). Значительная часть иудеев этим воспользовалась и во главе с утвержденным Киром правителем (наси — «князем») Шешбацаром и первосвященником по имени Иисус вернулась в Иерусалим. Иудея стала административным подразделением персидской провинции. Обычно персы сохраняли в качестве правителей одну из местных родовитых семей (в Трансиордании, например, правил род Тобиадов), и вскоре престарелого наси сменил его племянник, Зоровавель. В Иудее, видимо, ждали восстановления на троне потомков Давида, но между светским правителем и главой общины иерусалимского Храма началась борьба за власть, которая осталась за первосвященником.
Преемник Кира, Камбиз, предпринял поход на Египет, который был подчинен, однако это стоило царю жизни, а Персии – гражданской войны. Победивший в ней царь Дарий провел реформу управления, в результате которой вся империя была поделена на сатрапии, те – на «провинции», а провинции – на отдельные общины. К западу от Иордана образовалось 5 провинций: Иудея, Самария, Галилея, Идумея и Ашдод. Финикийские города и Кедар, входя в сатрапии, не подчинялись правителям провинций, они сохранили автономию и свои царские династии. Все земли, находившиеся к западу от Евфрата (то есть Сиро-Палестинский регион), включили в провинцию «Заречье» (по Геродоту это пятая сатрапия), с центром, видимо, в Дамаске. Первый известный сатрап Вавилона и Заречья, Уштан, был