В Дьячной избе украли 20 рублей казенных денег, взломав «коробейки». Попутно были убиты еще пять человек: трое людей Михаила Битяговского и двое – Никиты Качалова. Затем – еще семеро – посадский Савва-плотник и шестеро его товарищей по приказу Михаила Нагого были убиты за распространение слухов, об убийстве дьяков «за посмех», то есть беспричинно.
Подъячие Третьятко Десятый, Васюк Михайлов, Терешка Ларионов, писчики Марко Бабкин и Ивашка Ежов после угроз толпы в их адрес спасли свои жизни, убежав в лес, где дожидались приезда государевых людей. Вслед за ними поспешили многие горожане.
Одним из последних был убит Осип Волохов. По словам игумена Алексеевского монастыря Савватия, приехавшего в город около шести часов пополудни, он застал Осипа в живых – тот стоял в церкви за столпом. После того, как Савватий покинул церковь, Осипа вывели из церкви и убили. Убили и его дворового Ваську, который попытался защитить Волохова.
В последующие дни вплоть до приезда следственной комиссии беспорядки в Угличе продолжались. Город был фактически оцеплен – вокруг него на телегах ездили люди, следившие за тем, чтобы никто лишний не мог войти в него и узнать о случившемся. Вести о происходящем составляли своего рода тайну удела. Все дороги также находились под контролем для недопущения распространения слухов о происходящих в Угличе событиях.
За день до приезда следственной комиссии Нагие сделали попытку инсценировки преступления. В торговых рядах, у посадских людей и на дворе дьяка Битяговского было собрано холодное оружие. Его вымазали в куриной крови и побросали около трупов «убийц» царевича. Все это по замыслу заговорщиков должно было послужить доказательствами преступных намерений Михаила Битяговского и иже с ним. И в ходе следствия Михаил Нагой указывал на насильственное устранение царевича, несмотря на раскрытие инсценировки. В свой заговор Нагим удалось вовлечь городового приказчика Русина Ракова, который позже раскаялся и рассказал следователям все как есть.
После того, как 02 июня 1591 года царю Федору Иоанновичу был зачитан результат произведенного в Угличе следствия, государь велел собрать Освященный собор во главе с патриархом Иовом и огласить материалы следственного дела с тем, чтобы вынести по ним окончательное решение.
Освященный собор состоял из представителей высшего духовенства. Собор участвовал в разработке вопросов и принятии (утверждении) решений как непосредственно касающихся деятельности Русской церкви (например, назначение митрополитов и епископов, введение патриаршества и избрание первого и последующих патриархов), так и относящихся к деятельности иных государственных учреждений.
Обязательным является участие представителей Освященного собора в церемонии венчания государей на великое княжение, а позже – на царство. Впоследствии члены Освященного собора принимали участие при избрании на царство Бориса Годунова.
Освященный