Если проанализировать п. 3 ст. 125 ГК, то можно сделать однозначный вывод о том, что публично-правовое образование может поручить приобретать и осуществлять имущественные (неимущественные) права публичного образования в сфере гражданско-правовых отношений не только своим органам, но и иным субъектам, в том числе иным юридическим лицам, а также гражданам. Получается, что законодатель сознательно допускает существование государственных органов на правах юридического лица и государственных органов, не имеющих такого статуса.
Помимо федеральных министерств Указом Президента РФ «О системе и структуре федеральных органов исполнительной власти» от 9 марта 2004 г. № 314 (в ред. Указа от 20 мая 2004 г. № 649) появились (вместо ведомств и комитетов) такие федеральные органы исполнительной власти, как федеральные службы и федеральные агентства. Федеральные службы призваны осуществлять функции по контролю и надзору в установленной сфере деятельности, а также специальные функции в области обороны, государственной безопасности, защиты и охраны государственной границы, борьбы с преступностью, общественной безопасности. Такого рода органы федеральной исполнительной власти не вправе заниматься управлением государственным имуществом и оказанием платных услуг (п. 4 Указа). Таким образом, анализ правового положения (полномочий) федеральных агентств показывает, что в компетенцию последних не входит участие от имени государства в гражданско-правовых отношениях, а следовательно, и нет необходимости в признании их юридическими лицами. Однако п. 7 названного Указа Президента РФ уточняет, что «ограничения полномочий федеральных органов исполнительной власти не распространяются на полномочия их руководителей по управлению имуществом федеральных органов исполнительной власти, закрепленным за ними на праве оперативного управления». Получается, что в целях управления имуществом, закрепленным за федеральным органом исполнительной власти на праве оперативного управления для решения, например, собственных имущественных потребностей (приобретение мебели, оргтехники, оплата за энерговодоснабжение и т. п.), федеральные службы (агентства) «обречены» быть юридическими лицами в виде государственных учреждений.
Федеральные агентства предназначены для осуществления в установленной сфере деятельности функций по оказанию государственных услуг, управлению государственным имуществом и правоприменительной функции, за исключением функций по контролю и надзору.
При этом следует заметить, что под функциями по управлению государственным имуществом понимается осуществление полномочий собственника в отношении федерального имущества, включая имущество федеральных государственных унитарных и казенных предприятий, государственных учреждений, а также управление находящимися в федеральной собственности акциями открытых акционерных обществ.