Судебная экспертиза может быть проведена в государственном или ином экспертном учреждении, либо вне экспертного учреждения лицами, обладающими специальными знаниями в области науки, техники, искусства или ремесла, но не являющимися государственными судебными экспертами (ст. 199 УПК, ст. 41 ЗГСЭД, ст. 52 и 53 Основ законодательства Российской Федерации об охране здоровья граждан).
Статья 5 Уголовно-процессуального кодекса определяет экспертное учреждение как государственное судебно-экспертное или иное учреждение, которому поручено производство судебной экспертизы в порядке, установленном уголовно-процессуальным законом.
В соответствии со ст. 11 ЗГСЭД государственными судебно-экспертными учреждениями являются специализированные учреждения федеральных органов исполнительной власти, органов исполнительной власти субъектов Российской Федерации, созданные для обеспечения исполнения полномочий судов, судей, органов дознания, лиц, производящих дознание, следователей и прокуроров посредством организации и производства судебной экспертизы. В системе органов судебно-медицинской службы Российской Федерации государственными судебно-экспертными учреждениями являются Республиканский центр судебно-медицинской экспертизы (г. Москва), областные, краевые, городские (Москвы и Петербурга) и республиканские (в республиках, являющихся субъектами РФ) бюро судебно-медицинской экспертизы, входящие в структуру соответствующих министерств, управлений, комитетов и отделов здравоохранения, а также судебно-медицинские лаборатории Министерства обороны.
Организация и производство судебной экспертизы в медицинских учреждениях или их подразделениях, не относящихся к ведению федерального органа исполнительной власти в области здравоохранения, например, в военных судебно-медицинских лабораториях, осуществляется на основании нормативных правовых актов соответствующих федеральных органов исполнительной власти (в данном случае – Министерства обороны), принимаемых совместно с федеральным органом исполнительной власти в области здравоохранения, т. е. совместно с Министерством здравоохранения РФ.
Кроме того, судебная экспертиза может быть проведена экспертными подразделениями, созданными федеральными органами исполнительной власти или органами исполнительной власти субъектов Российской Федерации. Так, например,