«Еще хуже поставлен вопрос с обмундированием и снаряжением. Люди босы и голы, ходят в армяках и лаптях… Конные разведчики, как скифы ХХ века, ездят без седел».
Своим рапортом Пепеляев впервые вмешался в политику; он предложил «немедленно и торжественно объявить, что отныне по всей России земля будет принадлежать тому, кто лично трудится на ней, и отойдет крестьянам без всяких выкупов». Он потребовал изменить отношение к рабочим, выплачивать деньги семьям призванных в армию, ввести пенсии за убитых, пособия по ранениям, устранить цензы при производстве солдат в офицеры, сделать штаб главнокомандующего полевым, а не сидящим безвылазно в Омске.
«Этим, – вспоминал Пепеляев, – я вызвал к себе сильную вражду высшего командования, окрестившего меня эсером».
Членом партии социалистов-революционеров он никогда не был, но за народнические убеждения его презрительно называли «мужицким генералом».
В октябре 1919 года обескровленную непрерывными боями армию Пепеляева отвели в тыл, на линию Томск-Новониколаевск. В Ставке планировали остановить красных на этом рубеже, а неудобный для обороны Омск сдать без боя, но Колчак потребовал защищать столицу. Командующий Восточным фронтом Дитерихс, принципиально с этим не согласный, подал в отставку и был заменен покладистым Сахаровым. Тот обещал отстоять Омск, но ничего не сделал ни для его обороны, ни даже для эвакуации. Успокоив Колчака, Сахаров выехал в Новониколаевск, а на следующий день в город вступили авангарды 5-й армии Тухачевского. Деморализованный тридцатитысячный гарнизон капитулировал фактически без сопротивления; красноармейцы, заходя в правительственные учреждения, заставали на рабочих местах ни о чем не подозревающих чиновников.
Чуть раньше Пепеляев, давно не бывавший в тылу, прибыл на родину, в Томск, и увидел, что «генералитет не представляет ужасного положения на фронте, общество подавлено, единодушия никакого, власть адмирала вызывала лишь насмешки».
8 декабря на станции Тайга, где от Транссибирской магистрали отходит ветка на Томск, Пепеляев арестовал Сахарова, расценивая его поведение как «преступное», задержал поезд Верховного правителя и при поддержке брата Виктора вырвал у него обещание передать власть Земскому съезду. Он еще надеялся, что при «народовластии» красные признают автономию Сибири, можно будет договориться с ними о перемирии, но контакты с представителями большевистского подполья показали несбыточность этих надежд.
Из сорокатысячной армии Пепеляев привел в Томск пять-шесть тысяч бойцов, не желавших идти дальше. «Войска продолжали отход, – писал он, – но мои части, в большинстве сформированные из местностей Средней Сибири, оставались на местах, будучи скованы семейным положением». Последним приказом по армии он объявил о ее роспуске и покинул Томск с теми, кто решил продолжать борьбу – таких набралось около восьмисот человек. Они по-прежнему в него верили, хотя он признавал: