Готовясь к походу в Италию, Наполеон назначает своего зятя командующим кавалерией Резервной армии (апрель 1800 г.). В этой должности Мюрат принимает активное участие во Втором Итальянском походе Бонапарта 1800 г. Возглавляя авангард армии, он участвовал в переходе через Альпы, затем одержал ряд частных побед над австрийцами, в том числе занял Милан и овладел Пьяченцей, 2-тысячный гарнизон которой капитулировал; но особенно отличился в сражении при Маренго (14 июня 1800 г.), за которое был награжден Почетной саблей.
Назначенный в феврале 1801 г. командиром Южного наблюдательного корпуса, он изгнал неаполитанцев из Папской области и заключил перемирие с неаполитанским королем. Во время посещения Мюратом в связи с этим Неаполя там была предпринята попытка его подкупить, чтобы тем самым выторговать себе более выгодные условия при заключении мира, но генерал решительно отверг все эти попытки.
В январе 1804 г. Мюрат стал военным губернатором Парижа. Назначение его на столь важный и ответственный пост было связано с обострением внутриполитической обстановки в стране, в том числе и в столице (заговоры роялистов и якобинцев, конфликт Первого консула с генералом Моро, пользовавшимся большим влиянием в армии и в обществе и др.). Бонапарт, поручая этот пост Мюрату, был убежден, что в случае необходимости тот железной рукой, не останавливаясь ни перед чем, пресечет любые антиправительственные выступления.
Став императором, Наполеон осыпал своего боевого соратника всевозможными милостями, почестями и наградами. 19 мая 1804 г. Мюрат получает звание маршала Империи. В списке из 14 генералов, удостоенных тогда этого высшего воинского звания, имя Мюрата стояло 2-м (!) (после начштаба Бертье). Он был также награжден командорским крестом ордена Почетного легиона и назначен сенатором. В качестве резиденции