Понесенные неудачи сломили волю Испании к сопротивлению. Она оказалась на грани полного поражения и, будучи не в состоянии продолжать войну, запросила мира. Переговоры завершились подписанием 22 июля 1795 г. Базельского мирного договора. Одним из основных его условий был выход Испании из антифранцузской коалиции.
Завершившаяся блистательной победой война с Испанией заслуженно принесла Монсею славу одного из лучших полководцев Французской республики.
После окончания войны с Испанией и ликвидации Пиренейского фронта Монсей получил назначение на должность командира 11-й дивизии (военного округа) в Байонне (сентябрь 1795 г.). В октябре 1797 г. он был уволен из армии как «роялист» и пробыл в отставке более двух лет.
Во время государственного переворота 18 брюмера (9 ноября 1799 г.) примкнул к Наполеону Бонапарту и принял активное участие в перевороте, завершившемся свержением Директории.
Пришедший в результате 18 брюмера к власти Наполеон Бонапарт восстановил Монсея в армии и назначил командиром 19-й дивизии (3 декабря 1799 г.). Участник Итальянской кампании 1800—01 гг., во время которой командовал 20-тыс. корпусом. В мае 1800 г. перешел Сен-Готард и взял Беллинцону, в дальнейшем командовал левым крылом Итальянской армии. С июня 1801 г. заместитель командующего французскими войсками в Италии (Итальянская армия). Отличился в сражении при Роверето, затем вместе с генералом Макдональдом, наступавшим из Швейцарии, вторгся в Тироль и принял активное участие в его завоевании.
В декабре 1801 г. Первый консул Французской республики Наполеон Бонапарт назначил Монсея генерал-инспектором корпуса жандармов.
С провозглашением во Франции империи и восстановлением упраздненного в 1793 г. якобинским Конвентом звания маршала Наполеон I в числе первых 14 военачальников произвел Монсея в маршалы Империи (19 мая 1804 г.). В списке удостоенных этого звания имя Монсея стояло третьим (!!!) после Бертье и Мюрата. Боевые заслуги Монсея в годы Революционных войн получили высокую оценку со стороны Наполеона. В 1803 г. император наградил его орденом Почетного легиона, в 1804-м – командорским крестом этого ордена, а в феврале 1805 г. Монсей получил высшую награду наполеоновской Франции – Большой крест ордена Почетного Легиона.
В конце 1807 г. Наполеон поручает Монсею командование войсками, охраняющими побережье Франции (наблюдательный корпус Берегов Океана), а в 1808 г. жалует титул герцога Конельяно. С начала 1808 г. Монсей возглавляет наблюдательный корпус Западных Пиренеев.
30 января Монсей переходит со своим корпусом границу и вторгается на территорию Испании. В мае соединяется с маршалом Мюратом, возглавлявшим французские войска на Пиренейском п-ве. С началом военных действий в Испании принимает в них активное участие. Нанес поражение