Уже в самом начале царствования Федора по отношению к Дмитрию была принята совершенно необычная и исключительная мера. По распоряжению царя малолетний брат его был отправлен в Углич. Может быть, такое решение имело в виду ослабить борьбу придворных партий. Может быть, оно ставило своей целью предупредить попытку дворцового переворота. В таком случае нельзя не признать этого хода достаточно ловким. Богдан Вельский не уехал из Москвы вместе с маленьким царевичем. Он остался в столице, этом центре государственных дел и политических интриг; однако он удержался здесь недолго. Предлогом для его удаления от двора явился народный мятеж. Вельский был назначен наместником в Нижний Новгород и волей-неволей должен был расстаться с Москвой.
Между тем с прибытием Дмитрия давно пустовавший и скромный Угличский дворец сразу оживился. По соседству с ним устроилось все семейство Нагих. Вместе с царевичем в Углич прибыла вся обстановка маленького двора. Ребенок был окружен целым штатом женщин; при нем постоянно находилась мать; за ней стояли его дядья. Конечно, и Борис Годунов не терял Дмитрия из виду. Заботился ли он о его благополучии? Выжидал ли удобного момента, чтобы погубить царственного ребенка? Никому не удалось разрешить эту загадку, и само время не рассеяло окутывающей ее тайны. Во всяком случае, рано начали ходить какие-то зловещие слухи. В 1588–1589 годах в народе толковали, что царевича пытались отравить, но неудачно; высказывались опасения, как бы малютка не пал жертвой того, кто сам мечтает сесть на престол после смерти бездетного Федора… И вот внезапно, вместе с ударами набата, из Углича донеслась страшная весть. Царевич убит; толпа растерзала убийц, захваченных на месте. Как всегда, в передаче события было много смутного и противоречивого. Шли речи то о несчастном случае, то о злодействе, то о народном смятении, то о восстании…
Москва была поражена как громом. Борис Годунов понял, что нельзя медлить с разъяснением дела. Было слишком опасно позволять подозрениям собираться над его головой. Немедленно была назначена правительственная комиссия: ей было поручено безотлагательно выехать в Углич и произвести следствие. Разумеется, Годунов позаботился ввести в комиссию самых подходящих людей. Во главе их стал Василий Шуйский. Уже некоторое время он был в чести при дворе, хотя и не получал разрешения жениться: слишком боялись того родового имени, которое носил этот князь… Василий Шуйский был человеком, способным на все: он был беспринципен и бессовестен, ловок и хитер. Внешность его была самая вульгарная: взгляд его красных глаз был неуловим и лжив. Присяге этот человек изменял уже не раз. Его сотоварищем по комиссии являлся Андрей Клешнин, который находился в большой милости при дворе. Женой его была княжна Волхонская – неразлучная подруга царицы Ирины; между ними не существовало тайн. Сам Клешнин пользовался