Одним из проблемных регионов стала Карачаево-Черкесия. В июле 1991 г. съездом карачаевцев был создан оргкомитет по созданию Карачаевской республики. В октябре 1991 г. она была провозглашена Съездом депутатов Карачая всех уровней. В ответ появились образования других народов. На казачьих съездах были провозглашены Баталпашинская республика (август 1991 г.), Урупско-Зеленчукская республика (ноябрь 1991 г.). Съезд черкесского народа в октябре 1991 г. провозгласил Черкесскую республику, съезд абазин – Абазинскую. Совет народных депутатов Карачаево-Черкесии в декабре 1991 г. решил провести опрос о сохранении единства республики. Он проводился в марте 1992 г. в сложной этнополитической обстановке, и все же, большинство населения республики (78,6 %) высказалось за единство.
В январе 1992 г. здесь была введена должность главы администрации, назначаемого Президентом России. Им стал председатель исполкома карачаевец В. Хубиев. В январе 1993 г. бывший облсоветбыл преобразован в Верховный Совет и создан Совет Министров (председателем избран Хубиев). В конце 1994 – начале 1995 г. объединенный съезд активистов движений черкесов, абазин и русских предложил воссоздать Черкесскую автономную область в составе Ставропольского края. По времени этот политический кризис совпал с окончанием срока полномочий Народного Собрания. В марте 1995 г. для разрешения конфликта властей в республике была создана согласительная комиссия во главе с руководителем администрации Президента С. Филатовым. Был введен пост главы республики, назначаемого Президентом России с согласия Народного Собрания (вновь назначен В. Хубиев). Через год, в марте 1996 г., была принята Конституция республики, предусматривающая прямые выборы главы. После окончания пятилетнего срока полномочий Хубиев оставался во главе республики.
Выборы главы республики в апреле-мае 1999 г. вылились в серьезное противостояние между кандидатами от двух титульных национальностей – карачаевцем В. Семеновым и черкесом С. Деревым. Они сопровождались обострением противоречий, конфликтами и террористическими актами, массовыми нарушениями федерального законодательства