Дорога из Палестины в Египет оказалась открыта – византийцы не выставили на ней никакой охраны. В 639 году арабы подошли к первому городу, Пелузии, жители которого совершенно не ожидали нападения. Но у города имелись крепостные стены, которые арабы не могли взять сходу. Осадных орудий у них не было, как и времени вести осады. Поэтому они дождались, когда защитники города сделают вылазку, устроили контратаку и ворвались вместе с ними в открытые ворота. Город пал, и арабы, уходя, срыли его стены, чтобы не оставлять в тылу враждебную крепость. У них не хватало воинов, чтобы оставить в Пелузии хотя бы маленький гарнизон.
Христианский Египет между тем был расколот очередной церковной смутой. Местные жители придерживались монофизитства, а константинопольские власти насаждали придуманное в столице монофелиство. Проводником официальной доктрины был патриарх Кир, сурово преследовавший сектантов и их главу – патриарха Вениамина, который прятался где-то в горах. Брат Вениамина, Мина, погиб мученической смертью, отказываясь отречься от своей веры: его поджарили на огне, вырвали все зубы, посадили в мешок с песком и бросили в море. В стране происходили бунты, переходившие в кровавые столкновения. Религиозная вражда смешивалась с национальной – копты-египтяне не любили византийцев, считая их чужаками и оккупантами. Византийская армия в Египте под командованием Феодора была невелика и раздроблена на гарнизоны, рассеянные по всей территории страны. К тому же византийцем и в голову не приходило, что они имеют дело с малочисленным отрядом, а поражения в Сирии и Палестине заставляли их соблюдать осторожность. Поэтому они отсиживались в крепостях, не предпринимая никаких активных действий.
Между тем арабы взяли хорошо укрепленный город Бидбейс, устроив после месячной осады отчаянный штурм. После этого Амр присоединил к свой армии местных кочевников-бедуинов и отправился к городу Бабилон. Здесь в июле 640 года произошла крупная битва с византийцами. Византийской армией командовали Феодор и префект Александрии Анастасий. Амр атаковал их сразу с двух флангов, а затем ударил конницей с тыла. Византийцы бежали.
Спустя несколько недель Амр осадил Бабилон. Это была крупная крепость, построенная по всем правилам римской фортификации, с двадцатиметровыми стенами в два с половиной метра толщины. Ее ворота выходили к Нилу, откуда по водек защитником крепости доставляли все необходимое, а со стороны пустыни тянулась непреодолимая стена. Амр благоразумно согласился на предложение патриарха Кир о мире и снял осаду в обмен на крупный выкуп. Однако в дело вмешался византийский император Ираклий, расценивший переговоры Кира как предательство; патриарх был отправлен в отставку, а договор с арабами расторгнут.
Не