К сожалению, как в самом законе, так и в многочисленных инструкциях и правилах, разъясняющих его положения, допускалось немало отступлений от установленных норм. Так, ст. 9 закона предоставляла право подлежащим министерствам по соглашению с министерством внутренних дел издавать правила и инструкции по применению и толкованию норм и допускать, «когда сие признано будет необходимым», отступление от требований закона. В инструкции фабричной инспекции указывалось, что «рабочее время нормируется лишь постольку оно является объектом договора о найме», а продолжительность свободных перерывов и их распределение по времени – «в зависимости от местных условий». А это означало, что продолжительность рабочего дня фактически регулировалась не столько законом, сколько правилами внутреннего трудового распорядка, в зависимости от «местных условий».
Большую свободу имели наниматели в производстве сверхурочных работ. Сверхурочные работы допускались не иначе как по особому соглашению с рабочими, а в договор о найме могли быть включены условия только таких сверхурочных работ, «которые оказываются необходимыми по техническим условиям производства». Следовательно, сверхурочные работы могли быть обязательными («по техническим условиям») и с согласия рабочего – последние не ограничивались каким-либо пределом. Дискриминационные правила, касающиеся праздничных дней, были установлены для рабочих инославных верований (не-христиан).
И тем не менее закон от 2 июня 1898 г., несмотря на целый ряд оговорок и отступлений, сыграл положительную роль в истории российского трудового законодательства. Его значение состоит в том, что он ввел принцип законодательного ограничения рабочего времени для всех категорий работников и нормативного его распределения