Вместе с тем отмеченное единство не исключает, а предполагает известную дифференциацию методов научного познания. Так, при онтологическом подходе к изучению уголовно-процессуального доказывания, основанного на изучении внутреннего содержания соответствующих правовых норм с точки зрения их возможностей по обеспечению требуемого регулятивного воздействия в данной области общественных отношений, используются главным образом теоретические методы. При феноменологическом подходе, направленном на изучение внешнего функционирования права, результатов практической деятельности по применению конкретных средств уголовно-процессуального доказывания, преобладают методы эмпирические.
В зависимости от степени разработанности процесса получения выводного знания выделяют методы строго формализованного и содержательного мышления.
При формализованном мышлении к истинному знанию приводит уже одно лишь строгое соблюдение правил вывода. В качестве возможных методов и приемов познания здесь выступают абстрагирование, изучение и обобщение различных форм связей и отношений между исследуемыми явлениями в отвлечении их от содержания. Причем сами эти связи и отношения выражаются в виде символов и формул. Пронизывая науку логику и все точные науки (в первую очередь – математику), формализованное мышление все более проникает в сферу социальных отношений, в том числе и в правоведение. Последнему способствует, в частности, создание и внедрение в практику автоматизированной системы управления.
Но знаки и символы лишь тогда могут выступать в виде средств отражения действительности, когда за ними кроется реальное содержание. Отсюда формализация как метод познания в науках, в которых преобладает содержательный анализ материала, играет только вспомогательную роль. В юридических науках формализация может использоваться лишь строго под контролем диалектического метода и лишь в тесной связи с другими методами.
При содержательном мышлении заранее определенный алгоритм решения мыслительной задачи отсутствует;