В 1994 г. профессор Академии гражданской авиации, доктор юридических наук В. Н. Дежкин создал негосударственный вуз – Санкт-Петербургский институт управления и права, став его ректором. А. Ю. Пиджаков принял активное участие в создании этого института, в подборе профессорско-преподавательского состава, заняв должность проректора по учебной работе и проработав в ней 5 лет. Титанический труд по созданию и согласованию учебных планов, рабочих программ, подбору преподавателей, составлению расписания занятий, подготовке к лицензированию и аккредитации и т. д. дал свои плоды: вуз и ныне успешно функционирует и развивается.
Организаторские и «пробивные» способности А. Ю. Пиджакова проявились, когда открывался, преодолевая сопротивление и противодействие некоторых чиновников, юридический факультет в Академии гражданской авиации. А. Ю. Пиджаков вместе с деканом юридического факультета профессором Н. Ф. Бабанцевым неоднократно обращались в Москву в Генеральную прокуратуру, Министерство юстиции, Министерство образования, другие инстанции. И, наконец, факультет был открыт, а Академия гражданской авиации стала одним из первых технических вузов страны, которые начали подготовку юристов.
А. Ю. Пиджаков перешел работать на кафедру права, где ему было поручено читать курсы «История отечественного государства и права», «История государства и права зарубежных стран». Когда, через несколько лет, на факультете было образовано три кафедры, А. Ю. Пиджаков был назначен заведующим кафедрой международного права.
После защиты докторской диссертации Александр Юрьевич не остановился на достигнутом (чего, кстати, многие не понимали). Он поступил на заочное обучение в Академию гражданской авиации по специальности «юриспруденция» (2-е высшее) и вскоре получил диплом и квалификацию юриста.
В 1997 г. вместе с профессорами В. П. Кириленко, B. C. Солодченко и Ю. В. Мишальченко он принял активное участие в создании правовой кафедры в Санкт-Петербургском государственном морском техническом университете, вновь проявив незаурядные организаторские способности. Несколько лет возглавлял в бывшей Корабелке кафедру гражданского и коммерческого права. Параллельно А. Ю. Пиджаков исследует проблему военно-экологической безопасности, выступает на конференциях, пишет научные статьи и в 1999 г. защищает по указанной проблематике диссертацию на соискание ученой степени кандидата