В те годы во всей Новосибирской епархии, охватывающей почти всю Восточную Сибирь, оставалось лишь 50 действующих приходов. Владыка, несмотря на слабость своего здоровья, часто выезжал в самые дальние, затерянные в Сибирской тайге приходы. Сибирь очень напоминала ему Камчатку, где он ещё молодым иеромонахом совершал миссионерские подвиги. А когда владыка вспоминал про Камчатку, у него всегда наворачивались на глаза слёзы.
О. Мисаил с 1 сентября 1956 года – по вызову митрополита Нестора – духовник и священнослужитель Вознесенского собора города Новосибирска. С 14 марта 1957 года настоятель Покровской церкви села Чебаки Ширинского района, Красноярского края.
Здесь по представлению митрополита Новосибирского и Барнаульского Нестора (Анисимова) от 25 апреля 1958 года ко дню Святой Пасхи за труды на пользу Святой Церкви, за основание иноческой общины при Свято-Покровском храме села Чебаки о. Мисаил был удостоен высокой награды и за Божественной литургией в неделю Входа Господня во Иерусалим возведён митрополитом Нестором в сан игумена. В 1958 году переведен на настоятельское место в Дмитриевскую церковь города Алейска Алтайского края.
О. Мисаил с 22 сентября 1958 года – в Оренбурге.
С 22 апреля по 15 июня 1959 года – настоятель Казанской Крестовой церкви и сверхштатный священник Никольского кафедрального собора города Оренбурга.
15 июля 1959 года митрополитом Нестором (Анисимовым) назначен настоятелем Крестовой церкви с поручением обслуживать приходы – Никольский с. Калиновки и Михайловский с. Донино-Кашинка Кировоградской епархии.
С 20 января 1961 года – настоятель Крестовой церкви города Кировограда.
В 1962 году митрополитом Нестором (Анисимовым) награждён палицей, на праздник Покрова Божией Матери возведён в сан архимандрита.
После смерти митрополита Нестора (Анисимова) в 1962 году два года о. Мисаил был за штатом в Кировограде.
С 1964 года о. Мисаил переехал в Оренбург, жил на улице Куйбышева, 18 а, был за штатом и пенсионером Московской Патриархии.
24 марта 1970 года Его Святейшество, Патриарх Алексий II (Ридигер, 1929—2008 годы) наградил о. Мисаила юбилейным крестом с украшениями.
О. Мисаил в это время жил в Оренбурге, по улице Красноармейская, 12. Он, по благословению владыки Леонтия (Бондаря, 1913—1999 годы), тайно постригал в монахи и в монахини, особенно матушек, бывших послушниц Успенского женского монастыря.
Мечта о том, чтобы попасть на Афон, не оставляла о. Мисаила.
Когда он гостил на даче у Патриарха Алексия I (Симанского) в Переделкине, Патриарх подал ему надежду:
– Ты знаешь, сейчас ожидается разрешение греческих властей на проезд монахов из России на Афон. Молиться надо, чтобы Господь дал, чтобы афонский русский монастырь к России вернулся.
Поясним, что к тому времени в Русском Свято-Пантелеимоновом монастыре на Афоне оставалось только восемь столетних старичков.
С 4 января по 13 мая 1971 года о. Мисаил – настоятель Георгиевской