Оставляя собор в конце 1915 г., А. Г. Вальтер не мог предположить, что его реставрация возобновится лишь через пять лет, поэтому он не провёл должных противоаварийных работ. В результате этого некоторые недоделанные детали собора подверглись быстрой порче, и в первую очередь кровля, которая, будучи поставленной на подпорках, была закреплена весьма относительно. Временное жестяное покрытие за несколько лет проржавело и местами оказалось сорванным ветром. То же наблюдалось на покрытии главы собора. В. Т. Георгиевский посетил монастырь в 1920 г. и видел в его сводах и особенно в скуфье купола протечки, о чем сообщил на Объединенном совещании[216]. Чинки стен собора в некоторых местах, видимо из-за отсутствия штукатурного покрытия, подверглись выветриванию и начали осыпаться[217]. Все это ставило необходимость скорейшего продолжения реставрации, которая формально началась в 1919 г.[218], но из-за отсутствия финансирования и снабжения материалами работы возобновились лишь в 1921 г.
За сезон 1921 г. В. В. Данилов полностью восстановил утраченные части кокошников и закрепил временную крышу[219]. Но в 1922 г. работы велись в других зданиях монастыря, и комиссия, осмотревшая собор в середине июля 1923 г., вновь отмечала неудовлетворительное состояние памятника. Особое опасение вызывала сырость в барабане собора, наносящая урон фрескам; для борьбы с нею было предложено в двух окнах барабана сделать форточки[220].
В 1923 г. В. В. Данилов работал только урывками из-за перебоев в финансировании. Тем не менее он приступил к перекрытию апсид с заменой прежнего покрытия на посводное, а также восстановил на них фигурный фриз и карниз. Крыша над сводами была вновь приподнята, на кокошниках были сделаны кружала и деревянная опалубка, а своды проложены рубероидом. Плотники даже изготовили три окончины для малого барабана, что свидетельствует о намерениях его восстановить[221]. Однако все эти работы не были завершены из-за недостатка средств, и даже крыша осталась на зиму без закрепления. В таком виде собор простоял до августа 1924 г.[222], и только в конце сезона В. В. Данилов смог завершить посводное покрытие апсид[223].
По всей вероятности, при обсуждении в Петроградских реставрационных мастерских плана на будущий 1925 г. было решено в обязательном порядке завершить не в меру затянувшуюся реставрацию Богородице-Рождественского собора. Об этом свидетельствует смета, составленная В. В. Даниловым в октябре 1924 г., в которую вошли все необходимые для этого виды работ