В конце XIV столетия заметно активизировалась «монастырская колонизация» русского севера, в которой великие князья не без оснований видели возможность усиления своего влияния на другие княжества. Белозерский удел был присоединён к Москве ещё при Иване Калите,[4] и на возникшие Ферапонтов и Кириллов монастыри возлагалась роль форпостов, способствовавших успешному проведению московской объединительной политики на севере Руси.
Возникновение подобных обителей инспирировалось русским духовенством и церковноначалием. Идеи аскетизации монастырской жизни, возникшие на Руси как выражение богословия исихазма, пришедшего на Русь во второй половине XIV в., нашли в последней четверти столетия свое зримое воплощение. Так, митрополит Киприан, занимавший московскую кафедру с перерывами с 1381 по 1406 гг., активно занялся внедрением в монастырский быт общежительного устава, в котором он видел также гарантию стабилизации экономического положения монастырей[5]. Этот устав, принятый многими монастырями, на практике почти нигде не применялся, поэтому Киприан особые надежды возлагал на новые «пустынные» обители, число которых во второй половине XIV в. стало быстро возрастать. Наиболее активную поддержку митрополит получил от Сергия Радонежского, основавшего практически первый монастырь, в котором этот устав строго соблюдался; по его же инициативе было создано около тридцати подобных общежительных монастырей[6].
Все эти факты были хорошо известны Кириллу и Ферапонту, монахам Симонова монастыря, основанного в 1362 г.[7] и сразу оказавшегося в гуще церковной и политической жизни Москвы[8]. Вероятнее всего, решение о создании двух обителей в районе Белоозера и примерные условия их дальнейшего существования были оговорены ещё в стенах Симонова монастыря, чем и объясняется столь активное участие в судьбе Ферапонтова монастыря брата великого князя Андрея Дмитриевича Можайского. Показательно, что Ферапонт так и не принял сан игумена, оставаясь его духовным, но не административным начальником, как он и назван в монастырском Синодике 1641 г. Игуменство было утверждено в обители не сразу, а по прошествии нескольких лет после её основания, и первым игуменом Ферапонтова монастыря стал Герман, занимавший эту должность до 1432 г. Сам же Ферапонт в 1408 г. был переведён князем Андреем Дмитриевичем в только что основанный Лужецкий Богородице-Рождественский монастырь под Можайском. Там, как и в Ферапонтове, преподобный оставался вне административных званий, являясь начальником и духовным руководителем Лужецкой обители, где и скончался 27 мая 1426 г.[9]
Наибольшего рассвета монастырь достиг при игумене Мартиниане, принявшем постриг в Кирилло-Белозерском монастыре и бывшем долгое время келейником Кирилла. После того, как в 1432 г.