В Призрене в сентябре 1943 г. в присутствии представителей албанцев из Косова, Черногории, западной части Македонии и Новопазарского санджака под патронатом фашистской Германии была возрождена Призренская лига (Вторая). Эта патриотическая организация, приняв воззвание, ставила задачу объединения всех балканских территорий с большинством албанского населения. Устав лиги предполагал формирование комитетов во всех округах, создание вооружённых отрядов (косовский полк), а также молодёжного Комитета обороны Косова[20].
Руководство Коммунистической партии Югославии (КПЮ) в конце войны столкнулось с серьезным сопротивлением албанских националистов и вынуждено было с декабря 1944 г. по февраль 1945 г. вести с ними вооруженную борьбу. Оперативный штаб сообщал в декабре 1944 г., что на территории Косова орудуют «шиптарские[21] банды», которые находятся большей частью в горах, получая помощь и продукты питания в сёлах, их поддерживающих. В отношении таких сёл предлагалось проводить репрессии. По всему краю действовали албанские контрреволюционные комитеты, которые укрепляли дух неповиновения, проводили пропаганду «Великой Албании», организовывали сопротивление народной власти, призывали не вступать в армию Тито. Албанские отряды сопротивления насчитывали, по разным данным, от 10 до 16 тыс. человек. Между восставшими албанцами и партизанской армией, в которой большинство составляли сербы и черногорцы, велись распри. Было убито около 3 тыс. албанцев[22]. Восстание удалось погасить, часть албанцев перебралась в Грецию, часть осталась в горах и продолжила сопротивление новой власти[23]. В начале февраля 1945 г. в Косове было введено военное управление, заменяющее гражданскую власть в крае. На должности политического комиссара, командующего и коменданта были назначены сербы. Партийные организации Косова и Метохии также возглавляли сербы.
На первом заседании Областного народного комитета Косовско-Метохийской области прозвучали призывы к вхождению края в состав Сербии. Великая Антифашистская Скупщина Сербии в апреле 1945 г. приветствовала такие высказывания[24]. В июле 1945 г. после отмены военного положения косовары, лояльные к новой власти, собрали Областную народную Скупщину Косова и Метохии и выразили желание «всего населения области присоединиться к федеративной Сербии как её составная часть»[25].
За время войны территорию Косова, по разным данным, покинули от