Организационная структура СФ первого созыва, в соответствии с Регламентом,[285] помимо Председателя Совета Федерации и трех заместителей Председателя Совета Федерации, включала 11 комитетов и одну комиссию (Комитет Совета Федерации по делам Федерации, Федеративному договору и региональной политике; Комитет Совета Федерации по конституционному законодательству и судебно-правовым вопросам; Комитет Совета Федерации по бюджету, финансовому, валютному и кредитному регулированию, денежной эмиссии, налоговой политике и таможенному регулированию; Комитет Совета Федерации по вопросам экономической реформы, собственности, имущественным отношениям; Комитет Совета Федерации по делам Содружества Независимых Государств; Комитет Совета Федерации по международным делам; Комитет Совета Федерации по вопросам безопасности и обороны; Комитет Совета Федерации по социальной политике; Комитет Совета Федерации по аграрной политике; Комитет Совета Федерации по вопросам науки, культуры и образования; Комитет Совета Федерации по делам Севера и малочисленных народов; Комитет Совета Федерации по Регламенту и парламентским процедурам).
Обращает на себя внимание неравномерность распределения депутатов по комитетам. 40 % членов СФ были сосредоточены всего в двух комитетах – по бюджету и по вопросам Федерации, что показывает преобладающую направленность сенаторских интересов.[286] Первая тройка выглядела следующим образом: Комитет по бюджету, финансовому, валютному и кредитному регулированию, денежной эмиссии, налоговой политике и таможенному регулированию – 39 депутатов, Комитет по делам Федерации, Федеративному договору и региональной политике – 24 депутата, Комитет по аграрной политике – 19 депутатов. Некоторые другие комитеты не добирали даже необходимой минимальной численности в 10 человек, установленной Регламентом (Комитет по вопросам науки, культуры и образования – 9 депутатов).
Крайне малочисленный состав ряда комитетов препятствовал их продуктивной работе. На освобожденные должности председателей, заместителей председателей и секретарей комитетов СФ были избраны всего 32 депутата. Кроме того, и объемы решаемых комитетами задач оказались далеко