Согласительные и специальные комиссии создавались Советом Федерации и Государственной Думой и возглавлялись сопредседателями. В подавляющем большинстве случаев одна палата соглашалась с предложением другой принять участие в работе комиссий. При этом в их работе участвовали не только члены обеих палат парламента, но и представители Президента Российской Федерации, Правительства Российской Федерации, министерств и ведомств.
Особое значение имела работа согласительной комиссии по Федеральному закону «О порядке формирования Совета Федерации Федерального Собрания Российской Федерации». В ее состав вошли по 16 человек от каждой палаты, причем от Совета Федерации было назначено три сопредседателя. Согласительная комиссия провела 6 многочасовых, практически непрерывных заседаний, а депутация Совета Федерации – еще и 5 рабочих совещаний. На заседаниях обычно присутствовало около 50 человек, в том числе представители Президента Российской Федерации, работники аппаратов обеих палат Федерального Собрания Российской Федерации. Общий объем стенограмм, протоколов и сопоставительных таблиц составил около 600 страниц.
Особое место наряду с иными способами взаимодействия палат занимают согласительные комиссии по преодолению разногласий по законопроектам. Так, согласно ч. 4 ст. 105 Конституции в случае отклонения закона Советом Федерации палаты могут создать согласительную комиссию, после чего федеральный закон подлежит повторному рассмотрению Государственной Думой. Подобная комиссия создается по инициативе обеих палат. Новый Регламент Совета Федерации дополнен положениями, детализирующими порядок создания, функционирования согласительных комиссий. Например, предложение Государственной Думы о создании согласительной комиссии для преодоления возникших разногласий по федеральному закону теперь подлежит обязательному рассмотрению