15 мая 1948 г. еврейское боевое подразделение «Хагана» захватило все Русское Подворье в Иерусалиме. Архимандрит Антоний, собрав братию, предложил желающим эвакуироваться. Добровольно остаться в Миссии согласились архимандрит Мелетий (Розов)[85], о. Серафим (Седов), иеродиакон Мефодий[86], свечник Василий и о. Никифор. Остальная братия во главе с архимандритом Антонием попыталась покинуть Миссию, но развернувшийся бой прямо у ворот Миссии лишил их возможности бежать.
Митрополит Анастасий (Грибановский). Иерусалим. 1930-е гг.
«Мы ожидали смерти и смотрели, с какой стороны ворвутся новые хозяева. Почти сразу израильские солдаты ворвались на второй этаж, и мы слышали их шаги. Но в самой Миссии никто не появлялся целых два часа, и в это время мы чувствовали себя осужденными на смерть. В 11:30, когда мы с пересохшими ртами стояли в коридоре Миссии, ворвались вооруженные солдаты, выломав дверь из соседнего помещения. Солдаты были нервно возбуждены и ожидали встретить сопротивление. Увидев монахов, они спросили, кто мы. Командующий офицер обратился ко мне по-английски: «Не бойтесь, мы пришли защитить Вас. Где здесь угловая комната?». Немедленно они расположились с автоматами, ручными гранатами и другим оружием в Вашей угловой комнате, в зале и в моем кабинете с телефоном. Постепенно они занимали все больше комнат в этой части Миссии, превращая ее в часть своего штаба. В течение первых нескольких дней, поскольку мы оказались на передовой, обстрелу подвергался каждый, кто выходил наружу или оказывался возле окон».[87]
С этого момента Миссия на два месяца была отрезана от всего мира, оказавшись под беспрерывным артелерийским обстрелом, в так называемой закрытой военной зоне. Таким образом, о. Антоний вынужденно остался в Миссии с надеждой на скорую победу арабов.[88] Вместе с о. Антонием в вынужденном плену оказались его мать Мария Николаевна, диакон Спиридон Юрко[89] с супругой сестрой милосердия Еленой Юрко. Со слов о. Антониия, евреи относились к ним вежливо и обходительно, однако постоянно пользовались миссийским телефоном, что сильно раздражало о. Антония. Веньяминовское подворье и дом на улицы пророков оказались в руках еврейских квартирантов, там от имени «русской общины» распоряжался некий Бабич. В Елизаветинском подворье остались целы все старушки.[90]
29 дней продолжался непрерывный обстрел Русского Подворья, по Миссии было выпущено около 11000 снарядов.[91] На седьмой день бомбардировки архимандрит Антоний в своем дневнике оставил такую запись: «Однажды только перед моим окном взорвались в течении 1/2 часа от 50 до 70 снарядов. Во время таких усиленных обстрелов мы стараемся сидеть против стены в своих же комнатах».[92]