Во время опричнины не было создано особых опричного и земского Разбойных приказов, но произошедшее в стране разделение коснулось и этого ведомства. В наказе белозерским губным старостам 1571 г. фигурирует новая норма, которая устанавливала, что если кого-либо из опричнины поймают в земщине на разбое, то земские губные старосты должны ехать в опричнину, чтобы там судить обвиняемого вместе с опричными губными старостами. Если же земского человека ловили в опричнине, то судить его надо было старостам вместе в земщине. Имущество, оставшееся после компенсации потерпевшим и казни виновного, также должно было поступать в ту часть государства, откуда был этот человек. При этом пошлины (два алтына с рубля), которые брали губные старосты от ведения дел, отсылались только дьякам Разбойного приказа.
В целом введение опричнины усложнило деятельность Разбойного приказа и его агентов на местах, так как на функционирование приказной системы накладывались еще и не всегда ясные взаимоотношения между двумя частями одного государства.
В это же время (1564–1570 гг.) в Разбойном приказе в чине дьяка служил Г. Ф. Шапкин. О нем сообщал в своих «Записках о Московии» Генрих Штаден, который, между прочим, уличал самого Шапкина и его коллег по приказу в том, что они корыстовались за счет невинно оговариваемых преступниками людей. Впрочем, из других источников нам известно, что подобным образом поступали и губные старосты с целовальниками. В конце 1560 гг. (но не позднее 1570 г.) в приказе служили дьяки М. Вислый и В. Я. Щелкалов, которые создали новую редакцию Указной книги Разбойного приказа. М. Вислый до того, как стать дьяком, в 1536–1549 гг. был городовым приказчиком, а в 1549–1552 гг. – губным старостой Кирилло-Белозерского монастыря. Он имел достаточный опыт службы в структурах местного управления и прекрасное представление о предмете своей работы.
Разбойный приказ должен был координировать деятельность губных учреждений. Вплоть до конца XVI в. губные старосты были обязаны самостоятельно решать все дела вплоть до вынесения и исполнения приговора. Впрочем, с конца 1540-х по середину 1550-х гг. им дозволялось в случае возникновения каких-либо сложностей отсылать все материалы в Разбойный приказ, чтобы там приняли решение. Но уже наказы 1555–1556 гг. снова требуют «списков в розбойных и татиных делех <…> на Москву к бояром к докладу не посылать <…>». К концу столетия (вероятно, к середине или концу 1590-х гг.) ситуация изменилась – теперь все приговоры выносились исключительно в Разбойном приказе. Обычно губной староста отсылал