Энрике объявил сестру нарушившей договор и по этой причине лишенной престола. Но сторонники Изабеллы поднялись в защиту ее прав, и борьба за престол возобновилась. В ходе ее Энрике умер, и кортесы признали Изабеллу королевой, при этом было принято постановление, что управление государством должно принадлежать исключительно Изабелле и участвовать в нем Фердинанд может лишь как ее уполномоченный, но акты о назначении на должность и произнесение судебных приговоров должны совершаться от имени обоих супругов; имена их должны чеканиться на монетах, но казна и войско Кастилии и Леона находятся в исключительном распоряжении Изабеллы.
Нельзя сказать, что «самостоятельное плавание» началось легко. Супругам пришлось подавить продолжавшиеся гражданские стычки из-за престолонаследия, которые усложнялись вторжением в Кастилию португальского короля Альфонса V, который поддерживал права своей племянницы и одновременно невесты – Хуаны Бельтранехи. (Он взял ее в жены с целью закрепления своих притязаний на Кастилию. Но брак был аннулирован папой римским Сикстом IV из-за близкого родства.) Борьба эта продолжалась до октября 1479 года. Потерпевший поражение при Торо Альфонс V принужден был заключить мир и отказаться от притязаний на кастильский престол. Укрощено без кровопролития восстание в Сеговии, куда Изабелла не побоялась отправиться лично на переговоры с мятежниками.
Но королева занималась не только войнами, но и реформами. Ведь Кастилия находилась в отчаянном положении благодаря «стараниям» ее братца. Энрике IV был большой транжира, но мало заботился о соблюдении законов в своем королевстве. По словам современника, убийства, изнасилования и грабежи совершались практически безнаказанно. Перед Изабеллой стояла трудная задача – положить конец хаосу.
Наиболее значимой ее реформой в 1476 году стало создание первой в Европе полиции на основе традиционного для кастильцев явления – Санта Хермандад (Святое братство). Так называли добровольные объединения мужчин, собиравшихся вместе, чтобы поддерживать в своей округе закон и порядок, для патрулирования дорог, а также поиска и наказания злоумышленников. При бездействии государственных органов это была реальная сила, преимущества которой Изабелла смогла оценить и обратить на пользу государству (тогда как ее предшественники добровольцам не доверяли и старались «хермандадас» разгонять). Теперь же полиция набиралась из местных жителей и содержалась за счет налогов. Решение оказалось удачным и эффективным. Кастилия, Астурия и Леон первыми оценили это нововведение. А к 1481 году всего двое (!)