Последний раз батарея нанесла удар в упор шрапнелью по врагу в район Камышовой балки. В ночь с 1 на 2 июля были подорваны обе башни и силовая станция. Потерны (подземный коридор (галерея) для сообщения между фортификационными сооружениями, фортами крепости или опорными пунктами укрепленных районов) и большинство помещений орудийных блоков не были разрушены, и вплоть до 12 июля 1942 года продолжали служить укрытием для сопротивлявшихся последних защитников Севастополя.
Приказом Народного комиссара ВМФ от 4 декабря 1943 года башенная батарея №35 была исключена из состава Военно-морского флота, как погибшая при выполнении боевых заданий. Учитывая масштаб разрушений, экономические трудности восстановления в послевоенный период и эволюцию военного дела, 35-я береговая батарея не восстанавливалась, однако часть её сооружений (правое крыло блока 2-й башни и правый командный пост) использовались установленной в 1945 году на мысе Херсонес 130-мм береговой батареей №723 (разоружена в 1960 году). Всё прочее лежало в руина.
История восстановления 35-й батареи началась в июне 2007 года. За пять лет на месте пустыря и стихийной свалки в Севастополе был создан огромный мемориальный комплекс (около 8 га, подземные сооружения – около 5 000 кв. м.), равных которому на постсоветском пространстве практически нет. Сегодня возвращенная к жизни 35-я батарея стоит в одном ряду с такими мемориалами, как Брестская крепость и музей-заповедник «Сталинградская битва» на Волге. Во время поисковых и восстановительных работ были найдены останки 75 бойцов. Все они захоронены в некрополе комплекса. Исследователям удалось установить несколько имен погибших воинов. Это начальник городского отдела милиции в предвоенные и годы войны Василий Иванович Бузин, военинженер 3 ранга, командир бронепоезда «Железняков» Михаил Федорович Харченко, красноармеец Яков Лукич Гашенко и красноармеец