Важнейшим событием в укреплении внешнеполитического курса Павла I стало принятие под покровительство России в начале его царствования Мальтийского ордена. Французская революция пошатнула основу этого старейшего западноевропейского христианского ордена. В 1797 году по просьбе орденского братства Павел I принял титул протектора (покровителя) Мальтийского ордена. Это звание налагало на него известные обязанности, особенно когда в июне следующего года молодой французский генерал Бонапарт захватил Мальту. Русский император не только предоставил членам ордена убежище в своей столице и обеспечил пребывание ордена в России материально, но и распространил деятельность его на русской территории восстановлением польского католического и учреждением русского православного великого приорства. Историк А. В. Скоробогатов, утверждает, что символика ордена «отражает идею воссоединения христианских церквей, центром которых должна стать Российская империя».
29 ноября 1798 года Павел I принял Мальтийский орден в свое «державство» и возложил на себя знак великого магистра. Через месяц был издан манифест об «Установлении в пользу российского дворянства ордена Св. Иоанна Иерусалимского». Новый российский Мальтийский орден состоял из двух отделов: православного и католического, что должно было символизировать грядущее преодоление раскола между христианами России и Европы. Помимо этого Россия получала прекрасный стратегический плацдарм в Средиземном море. Рыцарский дух Павла I, его благородная и порывистая натура не позволили ему оставить мальтийцев в беде. Кроме того, в его планы входило намерение вернуть ордену остров Мальта.
Что касается родной православной церкви – ее пастыри могли рассчитывать на самое внимательное отношение к себе. Павел I не разделял равнодушия своей матери к священнослужителям русской церкви и их насущным нуждам. Вот как писал об этом в своих воспоминаниях рыцарь Мальтийского ордена граф