он жил в комфортных условиях и имел все возможности для реализации своих научных устремлений, все больше склоняясь к классификации сходств и различий между растениями, в чем ему помогали интересующиеся этой темой студенты. Но после политических изменений конца 1650-х гг. и восстановления монархии все прежние церковные институции, включая епископат, были восстановлены, и Рей был рукоположен, твердо намереваясь стать приходским священником. Затем последовали новые перемены. В рамках усилий по общей реорганизации церкви революционный парламент упразднил епископат законом, предписывавшим всем священнослужителям принести особую клятву, или ковенант. Теперь же Карл II приказал всем священнослужителям формально заявить, что этот акт был незаконным и их клятва является недействительной. Хотя сам Рей не «принимал ковенант», он считал, что такая клятва является обязательством перед Богом и поэтому не может быть нарушена или отменена, и отказался делать подобное заявление. Предвидя реакцию властей, он ушел из колледжа и стал заштатным священником. Будучи священнослужителем, он не мог занимать светских должностей, но и служить в церкви он не мог он из-за неприязни к клятвопреступникам и королю, который подстрекал нарушать клятву.