Условия договора о сдаче войска были весьма мягкие. Ратные люди, московские и иноземные воины могли по собственному добровольному усмотрению перейти на службу к королю польскому или вернуться домой. Те, кто идут домой, должны целовать крест, обязуясь четыре месяца не служить в русской армии и выступать против короля. Пушки (а их было всего 107 штук) с припасами и оружие убитых должны были достаться полякам. Войско Шеина должно было выйти из Смоленской крепости с опущенными знаменами, с погашенными фитилями, без барабанного боя. При этом знаменосцы обязаны были дойти до места, где находится король Владислав, положить знамена у ног короля и отступить на три шага. По знаку польского гетмана русские воины могли забрать свои знамена, потом зажечь фитили, бить в барабаны, чтобы отправиться в путь восвояси. С собой дозволено взять только двенадцать пушек из 107. 19 февраля 1634 г. Шеин с остатками войска выступил в путь. С ним шло 8056 человек, 2004 больных остались под Смоленском; для их пропитания передано 60 четвертей муки, сухарей и круп. Из русских королю Владиславу согласились служить только восемь человек, из них шестеро казаков, зато королю присягнула почти половина из 2140 немецких наемников.
В Москве воевод побеждённого русского войска Михаила Шеина и Артемия Измайлова уже ждали для допроса с пристрастием. На беду воеводы покровитель Шеина патриарх Филарет к тому времени недавно умер (1 октября 1633 года) и заступиться за него было уже некому. Бояре люто ненавидели Шеина за его высокомерие и презрение к тем, кто прятался с поляками в Кремле от ополчения Пожарского. Но особенно за то, что не прочь был напомнить их трусость, измены и нерадение во время Смуты. 18 апреля 1634 года царь Михаил с думскими боярами слушал «дело о Шеине и его товарищах». Шеина обвинили в неудачном переходе к Смоленску, что он потерял лучшую пору и позволил литовским людям укрепить крепость, а также был небрежен при нападениях неприятеля. А именно, государю всю правду не писал; приступы проводил не ночью, а днем, не слушал советы своих полковников, обесчестил имя государя тем, что положил перед королем царские знамена. Припомнили Шеину, что утаил от царя, как 15 лет назад, в плену, целовал крест королю не воевать против Литвы.
Первое и самое главное обвинение Шеину было в том, что он, отправляясь на службу, пред государем «вычитал прежние свои службы с большой гордостью», а о боярах говорил, что пока он служил, «многие за печью сидели и сыскать их было нельзя». Обвинили Шеина и в том, что тот выдал врагу литовских перебежчиков. Сходные обвинения выдвинули против воеводы Измайлова. Сын его, Василий, «больше всех воровал» – на пиру с поляками говорил поносные слова: «Как может наше московское плюгавство воевать против такого польского монарха Владислава?»
Было поставлено: Шеина и Арсения Измайлова с сыном Василием казнить, а поместья их, вотчины и