Сам же курс протоиерея Николая Рождественского, помимо детального введения в «Историю христианской апологетики, или основного богословия» (от начала христианства до современности)[61], содержал две части – о религии как таковой и о христианстве. Структура его в значительной степени следует последовательности тем у архимандрита Августина, который, в свою очередь, следовал «стандарту» программы архимандрита Хрисанфа (см. выше). В части I размещались два отдела – о «религии с субъективной стороны» и об «основных истинах религии». В отделе 1 обсуждались сущность религии (с обращением к этимологии самого термина); ее отношение к другим сторонам человеческой жизни; ее происхождение – с критикой редукционистских теорий от античных до шлейермахеровской и фейербаховской; изначальность и всеобщность религии в человеческом роде; аргументы в пользу начального монотеизма и соображения о причинах появления многобожия (наряду с обзором его архаических форм). В отделе 2 – истина о бытии Божьем, с рассуждениями о характере ее доказательств и изложением их самих (в последовательности: космологическое, телеологическое онтологическое, нравственное); учение о личном Боге (теизм в сопоставлении с деизмом, пантеизмом и, зачем-то, материализмом); учение о бессмертии души и рациональных оснований для веры в него. В части II был представлен обстоятельный критико-сравнительный обзор «естественных религий» (от религий Китая до греко-римской включительно), учение о богооткровенности христианства, а затем религия ветхозаветная и новозаветная.
Протоиерей Николай Рождественский более всех своих предшественников углубился в задачу уяснения научного статуса доказательств существования Бога, пытаясь опровергнуть три основных, по его классификации, возражения против их «доказательности»[62]. Мнение о том, что они именно как доказательства по существу невозможны, опровергается тем, что кантовско-шлейермахеровская их критика основывается на неадекватном представлении о самом бытии Божием; что убежденность в том, будто доказательство есть выведение низшего из высшего, основывается на ограниченном понимании самого доказательства[63]; что далеко не все доказательства должны иметь признаки «математической очевидности», поскольку помимо математических доказательств имеют место логические, т. н. демонстративные и индуктивные[64], и именно вторые вполне применимы, когда речь идет о доказательствах бытия Божия. Протоиерей Николай Рождественский также подробнее всех своих предшественников рассматривает проблему классификации этих доказательств, которую он предваряет обоснованием самой их множественности и сожалением о том, что обычно очень мало углубляются в саму их природу (здесь он полностью солидаризируется с Лейбницем).