Вскоре послужной список группы начали быстро заполнять новые записи. В марте 2000 года PROTOZOA удачно выступили в МДСТ на фестивале в честь 55-й годовщины Победы в Великой Отечественной войне; в апреле были приглашены на четвертый S.K.I.F.; в мае взяли приз зрительских симпатий на фестивале «Балтийский берег» в Сосновом Бору. Кроме того, они выступали в Выборге, Новгороде и Киришах (фестиваль «Jump!»). В это время группу менеджировала журналистка Елена Вишня.
Материал альбома «Компромат» стал основой саундтрека к документальной ленте «В горах с тобой», который сняла жена Игоря Мамонова Сарра Ансон на Петербургской студии документальных фильмов. Мамонов: «Мы там не играли, мы были самими собой».
Приобщению к творчеству PROTOZOA широких народных масс способствовали их выступления на масштабных open air фестивалях: питерских «Окна Открой!» (июнь) и московском «Нашествии» (август) летом 2001-го. Новые песни и новый имидж удачно дополнили друг друга и помогли группе остаться в памяти даже тех, кто никогда не слышал их до этого. В октябре группа сыграла большой сольный концерт в клубе «Молоко» и на время ушла в тень, чтобы разрешить накопившиеся за эти годы внутренние проблемы.
Это, впрочем, не помешало PROTOZOA следующей весной сыграть на разогреве у матерых RAMMSTEIN на заполненном до отказа стадионе «Петровский». Тем не менее персональный вопрос пока не был снят и до конца года о группе не было слышно почти ничего. За это время на своей точке в Колпине они построили домашнюю студию и, снова пригласив за пульт Рацена, попытались самостоятельно записать новый материал. К сожалению, результат записи не удовлетворил ни музыкантов, ни звукорежиссера, и этот процесс пришлось прекратить.
Пока группа находилась в законсервированном состоянии, деятельный Мамонов принял приглашение стать певцом известной альтернативной группы SCANG, у которой тоже возникли кадровые проблемы. Он принял активное участие в работе над альбомом SCANG «Шум в голове» (2003) и отметился на множестве фестивалей, в т. ч. вторых «Окнах Открой!». Помимо того Игорь записывался с DUBSINTHE, дочерним электронно-акустическим проектом SCANG.
Осенью 2002 года внутренний конфликт в группе завершился уходом из PROTOZOA барабанщика Виталия Рудикова, который с тех пор иногда мелькал на клубной сцене с другими исполнителями. На его место в PROTOZOA был приглашен не слишком известный, но достаточно техничный Андрей Андрианов из колпинской поп-рок-группы МИДЖИ. Он дебютировал в новой роли во время кинофестиваля «Чистые грезы» (ноябрь 2003-го) в ЛДМ.
11 января 2004 года в клубе «Орландина» на концерте со СКАФАНДРОМ участники PROTOZOA представили целиком новую программу и абсолютно новый имидж. В апреле на своей репетиционной базе они за сорок часов непрерывной работы сделали демозапись свежего материала, которую сами издали ограниченным тиражом под названием «Protozoa» для информационных